Vertikaalinen organisaatiorakenne on tiukka hierarkia, joka luo organisaatioon virkamieskerroksia. Tämä voi koskea yritystä kokonaisuutena tai tiettyä projektia, tiimiä tai sektoria yrityksen sisällä, joka voidaan organisoida yleisesti muilla tavoilla. Organisaatiorakenteen suunnitteluun liittyy useita näkökohtia, ja ne on sisällytettävä yrityksen suunnitteluun. Rakenteen muuttaminen voi olla vaikeaa, kun se on paikallaan, ja siksi on tärkeää ajatella huolellisesti suunnitteluvaiheessa.
Vertikaalisessa organisaatiorakenteessa painopiste on hierarkiassa. Jokaisessa kerroksessa on vähitellen vähemmän ihmisiä ja enemmän valtaa aina huipulle asti. Päätökset liikkuvat ylös ja alas valtarakenteen läpi, ja alhaalla olevat ihmiset eivät ehkä ole kovin itsenäisiä. Esimerkiksi kirjakaupan virkailija ei voi päättää lahjoittaa kirjakoteloa lukion luokkahuoneelle. Sen sijaan lahjoituspyyntö on lähetettävä asianomaisten yrityksen virkamiesten kautta, jotta joku hyväksyy tai kieltää.
Vertikaalisen organisaatiorakenteen etuja voivat olla tiukka valvonta ja johdonmukaisuus yrityksessä. Kun vain rajallinen määrä ihmisiä voi tehdä päätöksiä, nämä päätökset ovat luonteeltaan johdonmukaisia ja joskus ne voidaan tehdä hyvin nopeasti, koska ne eivät vaadi kuulemista ja yksimielisyyttä. Yrityksen henkilöstö saattaa olla vähemmän ristiriidassa keskenään päätöksissään ja julkisissa lausunnoissaan. Henkilökunnalla on myös selkeät ohjeet toimintaan luvan hakemiseen, avun pyytämiseen ja muiden tehtävien suorittamiseen.
Tämä lähestymistapa voi myös rajoittaa. Alemman tason työntekijät, joilla ei ole itsenäisyyttä, voivat olla vähemmän luovia ja harvemmin jakaa luovia ehdotuksia esimiesten kanssa, kun he työskentelevät vertikaalisessa organisaatiorakenteessa. Kyvyttömyys tehdä joitain päätöksiä alemmalla tasolla voi aiheuttaa viivästyksiä päätösten täytäntöönpanossa, mikä voi olla ongelma, jos yrityksen on reagoitava nopeasti ongelmaan. Tilanne, jonka matalan tason työntekijä olisi voinut poistaa, saattaa pahentua ja aiheuttaa yritykselle ongelmia, kuten silloin, kun joku valittaa ravintolan palvelusta eikä saa nopeaa ja tyydyttävää tulosta.
Vertikaalinen organisaatiorakenne voi myös vangita yrityksen vanhentuneisiin tekniikoihin ja käytäntöihin, koska muutosten toteuttaminen voi kestää kauemmin. Sitä vastoin horisontaaliset rakenteet voivat olla joustavampia ja voivat edistää luovuutta ja nopeaa ongelmanratkaisua. Tällaisten lähestymistapojen haittana on kuitenkin se, että ne voivat edistää epäjohdonmukaisuutta ja ongelmia, kuten tietämättä, kenen puoleen kääntyä, kun tarvitaan auktoriteettia.