Virtaussytometria on yksittäisten solujen tutkimus, kun ne kulkevat nestevirran läpi. Solun osat, joko sisäisesti tai pinnalla, on ensin leimattava yhdellä tai useammalla fluoresoivalla väriaineella. Virtaussytometriksi kutsutun instrumentin sisällä oleva laser virittää nämä fluoresoivat molekyylit siten, että ne lähettävät valoa eri aallonpituuksilla. Fluoresenssin määrä voi antaa viitteen siitä, kuinka monta prosenttia eri solutyyppejä on näytteessä. Virtaussytometriaa käytetään laboratorioissa useisiin eri sovelluksiin, mukaan lukien syöpätutkimukseen, immunologiaan ja solusyklianalyysiin.
Virtaussytometria-analyysin suorittamiseksi yksittäisten solujen suspensio on värjättävä fluoresoivilla väreillä, mikä voidaan tehdä joko yksivaiheisena tai kaksivaiheisena prosessina. Soluproteiinit värjätään usein käyttämällä mielenkiinnon kohteena olevaa proteiinia vastaan suunnattuja vasta-aineita. Yksivaiheiseen prosessiin kuuluu solujen värjäys vasta-aineilla, jotka on jo leimattu fluoresoivalla väriaineella. Jos leimattuja vasta-aineita ei ole saatavilla, solut voidaan värjätä ensin leimaamattomalla primaarisella vasta-aineella ja sitten fluoresoivalla leimatulla sekundaarisella vasta-aineella.
Kun solut on leimattu, ne ovat valmiita virtaussytometriaanalyysiin. Putki, joka sisältää solususpension, ladataan virtaussytometriin. Solut virtaavat instrumentin läpi ja kulkevat laserin edessä yhtenä tiedostona. Kun laser osuu jokaiseen soluun, valo siroaa eteenpäin tai sivulle. Eteenpäin suuntautuvat sirontamittaukset osoittavat solun koon, kun taas sivusironta on solujen rakeisuuden mitta.
Laserin energia kiihottaa myös fluorokromimolekyylejä, solujen värjäämiseen käytettyä fluoresoivaa väriainetta. Yleisin virtaussytometriassa käytetty laser on argon-ioni-laser, joka lähettää valoa aallonpituudella 488 nanometriä (nm). Tämä valo kiihottaa vihreän väriaineen fluoreseiinin molekyylejä, joka sitten lähettää valoa aallonpituudella 525 nm. Virtaussytometrin valomonistinputkissa (PMT) on valosuodattimet, jotka havaitsevat erilaisten fluorokromien lähettämän valon. Laitteessa voi olla useita PMT:itä, jotka havaitsevat valon eri aallonpituuksilla.
Punainen diodi, violetti diodi tai He-Ne (helium-neon) ovat muita lasereita, joita voidaan käyttää virtaussytometrissä. Muita virtaussytometria-analyysissä käytettyjä fluorokromeja ovat fykoerytriini, Texasin punainen tai allofykosyaniini. Erilaiset lasereiden ja fluorokromien yhdistelmät antavat tutkijalle mahdollisuuden kerätä tietoa useista erilaisista solumarkkereista samassa kokeessa.
Virtaussytometrin kanssa käytettäväksi suunniteltu ohjelmisto auttaa tutkijaa tietojen visualisoinnissa. Solupopulaatiot analysoidaan käyttämällä pistekaavioita, tiheyskaavioita tai histogrammeja. Kiinnostuksen kohteena olevien solujen ympärille voidaan piirtää alueita, ja fluoresenssin intensiteetti voi antaa viitteen näytteen eri solujen prosenttiosuuksista.