Virtsarakon kivun hoito voi vaihdella potilaan mukaan. Monissa tapauksissa lääkäri voi määrätä lääkkeitä epämukavuuden hallitsemiseksi. Interstitiaalinen kystiitti on toinen nimi kivuliaalle virtsarakon oireyhtymälle, jota hoidetaan usein fysioterapialla perusteellisen fyysisen tutkimuksen jälkeen. Tiettyjen elintarvikkeiden ja juomien poistaminen, jotka voivat aiheuttaa pahenemisia, voi olla toinen tapa hoitaa virtsarakon kipua.
Niitä, jotka kärsivät toistuvasta virtsarakon kipusta, on ehkä arvioitava selvittääkseen, voivatko muut sairaudet olla syy. Joissakin tapauksissa gastroenteriitti tai muut suolisto -ongelmat voivat aiheuttaa virtsarakon kipua. Virtsatieinfektio (UTI) voi myös aiheuttaa kivuliaita virtsarakon oireyhtymää. Usein antibiootteja määrätään virtsatieinfektion hoitoon. Emättimen hiiva -infektio voi myös aiheuttaa virtsarakon kipua joillekin naisille, jota yleensä hoidetaan antibiooteilla.
Joillekin potilaille, joilla on krooninen virtsarakon kipu, oireet voivat pahentua tiettyjen toimintojen aikana. Tähän voi kuulua istuminen pitkiä aikoja tai polkupyörällä ajaminen. Jotkut ihmiset voivat myös kokea virtsarakon kipua seksuaalisen toiminnan aikana tai sen jälkeen. Jotkut potilaat pitävät psykoterapiaa hyödyllisenä käsitelläkseen eri toimintoihin liittyviä kivuliaan virtsarakon oireyhtymän oireita. Tämä tehdään yleensä psykologin tai psykiatrin valvonnassa ja voi vaatia useita istuntoja onnistuakseen.
Stressi voi pahentaa kivuliaan virtsarakon oireyhtymän oireita, joten on parasta hallita stressaavia tilanteita mahdollisimman paljon. Työtuntien leikkaaminen voi auttaa väliaikaisesti joitakin potilaita. Tiettyjen rentoutumistekniikoiden tai -harjoitusten suorittaminen voi myös olla hyödyllistä. Fysioterapeutti voi osoittaa nämä tekniikat istunnon aikana.
Käyttäytymismuutoshoito on toinen tapa hoitaa kivuliaan virtsarakon oireyhtymän oireita. Yksi tekniikka on opettaa potilaalle, kuinka hallita virtsaamistarvetta. Virtsan esiintymistiheyttä, joka on usein yksi kivuliaan virtsarakon oireista, voidaan hallita tehokkaasti ilman muita lääkkeitä monilla potilailla, jotka saavat tämän hoitomuodon.
Jotkut potilaat voivat tarvita katetrointia kivuliaan virtsarakon hoitoon. Tämä tehdään yleensä silloin, kun muut menetelmät ovat epäonnistuneet. Virtsan katetrointi suoritetaan asettamalla kumi- tai muoviputki virtsarakkoon, jolloin virtsa pääsee valumaan. Sivuvaikutusten ja lisääntyneen kivun välttämiseksi on käytettävä pienintä mahdollista katetria.