Virtuaalinen mikroskooppi on sarja ohjelmistoja ja tietokomponentteja, joiden avulla käyttäjät voivat päästä käsiksi todellisiin, arkistoituihin kuviin Internetin kautta ja tutkia niitä tietokoneella ikään kuin käyttämällä oikeaa mikroskooppia. Se on hyödyllinen tutkimus-, opetus- ja oppimistyökalu, mutta sitä rajoittaa tallennettujen kuvien kirjaston koko ja vaikeus tehdä kolmiulotteisia kuvia todellisen stereomikroskoopin läpi. Kuvien virtuaalinen luonne mahdollistaa sen, että käyttäjät voivat käsitellä ja tutkia kuvia tietokoneella tavalla, jollaista perusmikroskoopilla ei kuitenkaan pystytä.
Käyttötarkoituksesta riippuen virtuaalimikroskooppi voi olla yksinkertainen intuitiivinen käyttöliittymä, jossa on pieni kuvakirjasto, jota käytetään lasten interaktiivisena harjoituksena opettamaan heille mikroskopian perusteet, tai se voi olla kattava interaktiivinen työkalu, jossa on useita erityyppisiä simuloituja toimintoja. todellisia mikroskooppeja, jotka hyödyntävät erittäin laajaa kuvatietokantaa. Kaikentyyppisille virtuaalimikroskoopeille yhteinen ominaisuus on, että ne ovat kaikki tietokonesimulaatioita todellisen mikroskoopin ominaisuuksista ja ominaisuuksista. Jotkut voivat olla vapaasti yleisön saatavilla, kun taas toiset voivat olla vain valtuutettujen saatavilla, jos kyseessä on arkaluonteinen tutkimus tai rikostekninen todiste, joka on kerätty lainvalvontatarkoituksiin.
Kuvien tietokanta on kaikkien virtuaalisten mikroskooppien perusta, ja kuvakirjaston koko rajoittaa kaikkia tällaisia järjestelmiä. Todelliset kameroilla ja oikeilla mikroskoopeilla otetut kuvat muunnetaan erittäin korkearesoluutioisiksi digitaalisiksi tiedostoiksi ja tallennetaan tietokantaan, josta virtuaalimikroskooppijärjestelmän käyttäjät voivat käyttää niitä. Yhden tai useamman mikroskoopin toimintoja simuloidaan ohjelmistolla, jolloin käyttäjät voivat käsitellä ja tutkia kuvia samalla tavalla kuin he voisivat tutkia näytettä oikealla mikroskoopilla.
Virtuaalimikroskooppien kehittäminen on tärkeä edistysaskel opetuksessa, sillä sen avulla monet opiskelijat voivat käyttää mikroskooppisia kuvia ilman fyysisiä instrumentteja, mitä monet oppilaitokset eivät muuten voisi saavuttaa ostamatta suurempia määriä kalliita todellisia instrumentteja. Sen sijaan, että yliopisto ostaisi lisämikroskooppeja ja tarjoaisi tilat niiden käyttöön, se voi antaa opiskelijoille mahdollisuuden ladata ja asentaa virtuaalimikroskoopin ohjelmisto tietokoneilleen. Tarjoamalla verkkokuvakirjastoja se antaa myös paljon useammalle opiskelijalle ja tutkijalle mahdollisuuden käyttää dataa kuin tavallisesti.