Voittoa tavoittelematon kirjanpito-ohjelmisto viittaa verkkopohjaiseen tai työpöytäohjelmistoon, jota voittoa tavoittelemattomat organisaatiot voivat käyttää talousasioiden hoitamiseen. Jotkin toiminnot sisältävät mahdollisuuden tallentaa ja seurata lahjoituksia, maksaa laskuja ja luoda taseita ja muita taloudellisia raportteja. On olemassa muutamia ohjelmistoja, joiden avulla voittoa tavoittelematon yhteisö voi käsitellä maksukorttitapahtumia ilman lisälaitteita. Yritykset tarjoavat usein erilaisia ohjelmistoja käyttäjien lukumäärän ja sen mukaan, käytetäänkö niitä useissa paikoissa. Jos ohjelmisto on esimerkiksi web-pohjainen, voittoa tavoittelematon järjestö voi ostaa lisenssejä kullekin käyttäjälle.
Voittoa tavoittelemattomien järjestöjen johtamisen kirjanpidolliset näkökohdat ovat kriittisiä oikeudellisissa ja verotuksellisissa syissä. Julkisten lahjoitusten ja lahjoitusten kerääminen tietyllä tasolla on usein alueellisten ja kansallisten lakien alaista. Tarkka kirjanpito on usein välttämätöntä, jos valtion verotulovirasto suorittaa tarkastuksen sen osoittamiseksi, että kirjanpito on tehty asianmukaisesti ja sovellettavien lakien mukaisesti. Voittoa tavoittelematon kirjanpito-ohjelmisto yksinkertaistaa kirjanpitotehtävää ja voi olla organisaation paras mahdollisuus pitää tarkkaa ja täydellistä taloushallintoa kaikista tapahtumista. Tästä syystä voittoa tavoittelemattomat järjestöt valitsevat usein sen käytön laskentataulukoiden tai paperin sijaan.
Joidenkin voittoa tavoittelemattomien kirjanpito-ohjelmistojen keskeinen tehtävä on palkanlaskenta. Organisaation työntekijät saavat palkan säännöllisesti, ja kirjanpito, joka vaaditaan lopullisen ja tarkan, verolainsäädännön mukaisen palkan tuottamiseksi, voi olla laaja. Voittoa tavoittelemattomia organisaatioita voidaan esimerkiksi vaatia säilyttämään tietyt osuudet alueellisten ja valtion verojen ja palkkaryhmien terveyssuunnitelmien ja muiden etujen palkasta. Ohjelmistoa voidaan käyttää palkanlaskennan suorittamiseen nopeammin ja usein tarkemmin kuin jokaisen palkan laskemiseen manuaalisesti. Usein on mahdollista jättää tarvittavat veroilmoituslomakkeet käyttämällä samaa ohjelmistoa, ja kertaluonteisen maksun maksaminen ohjelmistosta tai kuukausittainen lisenssimaksu on usein halvempaa kuin verottajan tai palkkahallinnon palkkaaminen samojen tehtävien suorittamiseksi.
Varainhankintaan liittyvän talouden hallinta voi joskus olla ylivoimaista henkilöille, joiden tehtävänä on hoitaa se voittoa tavoittelemattoman organisaation puolesta. Voittoa tavoittelematon kirjanpito-ohjelmisto voi virtaviivaistaa varainkeruun suunnitteluprosessia sekä perustaa kulujen ja lahjoitustilien, joita tarvitaan tapahtumien käsittelyyn. Jotkin ohjelmistot myös integroituvat verkkoon vastaanottaakseen lahjoituksia ja syöttääkseen ne automaattisesti ohjelmistoon.