Hormonikorvaushoitoja käytetään joskus hoitamaan erilaisia lääketieteellisiä ongelmia postmenopausaalisilla naisilla. Wileyn pöytäkirja viittaa erityiseen hormonikorvaushoidon muotoon, jonka tekijä TS Wiley on luonut ja kannattanut. Tämäntyyppinen hormonikorvaushoito käyttää yleensä luonnosta peräisin olevia hormoneja, joita käytetään paikallisesti suurina annoksina. Sen sanotaan matkivan nuoren naisen luonnollista hormonikiertoa, ja sen on tarkoitus vähentää sydän- ja verisuonitautien riskiä ja muita vaihdevuosiin liittyviä terveysriskejä. Huolimatta Wileyn väitteestä, että hoito on tehokkaampi kuin perinteiset hoidot, lääkäriyhteisö on arvostellut voimakkaasti Wileyn pöytäkirjaa.
Wileyn protokolla eroaa tavanomaisesta hormonikorvaushoidosta monin tavoin. Ensinnäkin hormonien annostus on paljon suurempi ja perustuu 28 päivän kuukautiskiertoon. Toiseksi käytetyt hormonit ovat peräisin luonnollisista lähteistä eikä synteettisistä valmisteista. Hormoneja käytetään myös yleensä osana paikallista kermaa eri tasoilla koko 28 päivän syklin sijaan suun kautta. Wileyn pöytäkirja perustuu siihen tosiseikkaan, että 20-vuotiaalla naisella, jolla on normaali kuukautiskierto, on paljon todennäköisemmin pienempi riski saada sydän- ja verisuonitauteja, tyypin 2 diabetes, syöpä ja Alzheimerin tauti kuin vanhemmalla vaihdevuodet ohittaneella naisella.
Perinteiset hormonikorvaushoidot sitä vastoin käyttävät usein tiettyjä hormoneja tiettyjen oireiden hoitoon. Esimerkki tästä voi olla luonnollisen syklin keskeytyminen munasarjasyövän tai naisen lisääntymisjärjestelmään liittyvän leikkauksen vuoksi. Perinteiset hoidot käyttävät tyypillisesti pienempiä estrogeeniannoksia, synteettisiä tai muuten lyhyempiä ajanjaksoja. Hormonikorvaushoidot voivat aiheuttaa komplikaatioita joillakin naisilla, ja vähimmäisannokset ja lyhyet hoitojaksot voivat vähentää hormonikorvaushoitojen riskiä. Tämän hoitomenetelmän voidaan katsoa olevan ristiriidassa Wileyn pöytäkirjan kanssa, jossa yleensä kannatetaan tiettyjen hormonien suurempia annoksia, joita käytetään pitkään aikaan.
Wiley -hoitosuunnitelman kritiikki on keskittynyt onnistumisen testausmenetelmään, joidenkin potilaiden merkittäviin sivuvaikutuksiin ja annostasoihin. Wiley -protokollan menestys perustuu seerumin verikokeisiin, jotka eivät ehkä ole tarkkoja hormonitasojen merkkejä. Jotkut potilaat, jotka käyttivät Wiley -protokollaa, saattoivat väittää kokeneensa sivuvaikutuksia, kuten sydämentykytyksiä, ahdistusta ja päänsärkyä Wiley -protokollan käytön tai hoidon lopettamisen jälkeen. Lisäksi kritiikki on kohdistunut kirjailijaan, joka kriitikkojen mukaan hänellä ei ole lääketieteellistä pätevyyttä, koulutusta tai todentamista lääketieteen asiantuntijana.