Amygdala on aivojen rakenne, joka liittyy yleensä emotionaalisiin tiloihin. Amygdalan ja muistin välillä on kuitenkin vahva yhteys. Tämä aivojen osa toimii yhdessä limbisen järjestelmän muiden osien, kuten hippokampuksen, kanssa ja auttaa säätelemään ja koodaamaan emotionaalisia muistoja. Tuleva käyttäytyminen määräytyy usein emotionaalisen muistin mukaan. Tunteen, kuten pelon, liittäminen johonkin tiettyyn tapahtumaan voi auttaa reagoimaan vaarallisiin ärsykkeisiin tai nautinnon tunne tietyn ruoan kanssa voi auttaa ohjaamaan tulevia ruokavalion valintoja.
On olemassa kaksi kilpailevaa teoriaa siitä, miten amygdala auttaa emotionaalista muistia muodostumaan. Amygdala voi koodata emotionaalista muistia jossain määrin työskennellessään hippokampuksen kanssa. Vaihtoehtoisesti se voi tarjota tulon hippokampuksen suorittamaan muistin käsittelyyn. Jotkut tutkijat ovat jopa ehdottaneet näiden teorioiden sulavaa integrointia, jossa tunteiden ja muistin säätely voi itse asiassa tapahtua käyttämällä molempien rakenteiden toimintaa. Amygdala liittyy läheisesti muistiin, vaikka amygdala ei muodosta muistoja itsestään.
Pelkoreaktion ehdottaminen on tärkeä linkki amygdalan ja muistin välillä, mutta tämä rakenne todella vaikuttaa muistiin muilla tavoilla. Amygdala näyttää säätelevän sitä, miten muut aivojen alueet koodaavat pitkäaikaisia muistoja. Kun suuremmat emotionaaliset kiihottumiset tapahtuman aikana aktivoivat tämän aivojen osan, tapahtuma näyttää olevan voimakkaammin koodattu ja helpompi muistaa. Tämä yhteys amygdalan ja muistin välillä voisi selittää, miksi ihmiset muistavat traumaattiset tapahtumat helpommin ja kuin ne, joilla ei ole emotionaalista sisältöä.
Amygdalan ja muistin kyky toimia yhdessä voi olla elintärkeä selviytymiselle. On myös tärkeää huomata, että liian vahva yhteys ja pelottavien tai traumatisoivien tapahtumien muistaminen liian helposti voi olla alijäämää. Yksi traumaattisen stressihäiriön (PTSD) taustalla oleva teoria on, että stressaavat ärsykkeet tai ärsykkeet, jotka muistuttavat alkuperäistä traumaattista tapahtumaa, yliaktivoivat amygdalan. PTSD -henkilö puolestaan muistuttaa traumatisoivasta tapahtumasta sekä siihen alun perin liittyvistä negatiivisista tunteista. Samanlainen yli -aktivointi voi olla myös ominaisuus joillekin ahdistuneisuushäiriöille.
Jopa positiiviset tunteet voivat helpottaa muistojen tallentamista. Kaikentyyppinen emotionaalinen kiihottuminen johtaa synkronoituun toimintaan amygdalassa, mikä voi liittyä lisääntynytyn kykyyn muodostaa hermoyhteyksiä. Nämä vahvistuneet yhteydet voivat edistää vuorovaikutusta, jonka avulla muistot voidaan palauttaa nopeammin. Suuremmilla amygdalaeilla voi olla suurempi kyky saavuttaa tämä saavutus.