Monet laihduttajat ovat raportoineet yhteyden Atkinsin ruokavalion ja ummetuksen välillä, etenkin ruokavalion induktiovaiheessa. Tämä vaihe kestää noin kaksi viikkoa ja sille on ominaista erittäin alhainen hiilihydraattien saanti. Kaikki muutokset ruokailutottumuksissa voivat aiheuttaa ongelmia, kuten ummetusta, mutta kun keho tottuu muutoksiin ja enemmän ruokia on sallittua induktiovaiheen jälkeen, ummetusongelma ei ole niin yleinen. Atkinsin ruokavalion aikana on noudatettava strategioita, ja ummetus paranee itsestään muutaman päivän tai viikon kuluttua.
Ummetus on monien vähähiilihydraattisten ruokavalioiden yleinen sivuvaikutus. Yksi Atkinsin ruokavalion kritiikeistä on, että induktiovaiheessa laihduttajat kuluttavat alle 7% päivittäisestä vähimmäiskuitumäärästä. Keskittyminen korkeisiin proteiinipitoisuuksiin voi myös pahentaa Atkinsin ruokavalion ja ummetuksen välistä yhteyttä, koska lihan ja juuston runsas saanti voi johtaa suolen epäsäännöllisyyteen.
Kehossa on oltava kuitua, jotta se voi päästä eroon jätteistä. Hedelmät, vihannekset ja täysjyvätuotteet, kuten leipä ja vilja, ovat tavallisia kuitulähteitä keskimääräisessä terveellisessä ruokavaliossa. Suositeltu 21 grammaa kuitua päivässä voi olla melko vaikeaa kuluttaa vähähiilihydraattisella ruokavaliolla, kuten Atkinsin ruokavalio, ja ummetus on melko usein seurausta. Joissakin tapauksissa ongelma voi muuttua niin vakavaksi, että se edellyttää lääkärin apua.
Ummetuksen välttämiseksi ruokavalion aikana on tarpeen juoda kahdeksan lasillista vettä, koska veden puute on tärkein syy ummetukseen. Jos tällä ei ole vaikutusta, lisäkuitujen, kuten pellavansiementen tai vehnäleseiden, käyttö voi auttaa. Salaatit ja vihannekset, erityisesti vihreät, lehtivihannekset, kuten pinaatti, kaali ja parsakaali, ovat täysin hyväksyttäviä ruokavaliossa rajoittamattomina määrinä. Liikunnan lisäämisen pitäisi myös auttaa ummetuksen hoidossa Atkinsin ruokavalion aikana. Kuitulisäainetta suositellaan erityisesti Atkinsin ruokavalion vaiheen 1 tai induktiovaiheen aikana, jotta tasapainotettaisiin vaikutusta syömällä enemmän vähäkuituisia proteiineja.
Muita Atkinsin ruokavalion sivuvaikutuksia ovat väsymys, huimaus, päänsärky ja heikkous, ja ne johtuvat pääasiassa hiilihydraattien jyrkästä vähenemisestä ruokavalion alkuvaiheessa. Atkinsin ruokavalio on muuttunut ajan myötä ja lieventänyt lähestymistapaansa jonkin verran, jotta voidaan vastata huolenaiheisiin ja raportteihin sivuvaikutuksista. Ennen tämän tai muun ruokavalion aloittamista on suositeltavaa kääntyä lääkärin puoleen, varsinkin jos on olemassa terveysongelmia.