Estrogeenin ja aknen välinen suhde on hieman monimutkainen, koska hormonien vaihtelut normaalissa naisten kuukautiskierrossa voivat aiheuttaa aknea eri aikoina. Alhaiset estrogeenitasot ja suhteellisesti korkeammat androgeenihormonitasot aiheuttavat yleensä estrogeeniin liittyvää kystistä aknea. Hormonitasapainot, jotka vähentävät estrogeenitasoja tai nostavat androgeenitasoja, lisäävät aknen muodostumisen todennäköisyyttä, koska ne lisäävät ihon pinnan alla olevien talirauhasten tuottaman öljyn määrää. Ehkäisypillerit voivat lievittää joitakin vakavia aknea, koska ne huolellisesti ylläpitävät estrogeeni- ja androgeenitasoja verenkierrossa.
Androgeenit ovat ensisijainen hormoniin liittyvä aknen syy monilla naisilla. Nämä hormonit stimuloivat talirauhasten tuottamaan rasvaista ainetta, joka tunnetaan talina. Liian paljon tätä ainetta voi usein juuttua huokosiin ja muodostaa kasvualustan tavallisille ihobakteereille, jotka lisääntyvät ihon pinnan alla. Kun bakteerit ovat moninkertaistuneet, ne voivat usein aiheuttaa tulehdusta, mikä johtaa kystiseen akneen. Estrogeeni voi poistaa tai peittää androgeenien vaikutukset kehoon.
Korkeat estrogeenitasot ja akne esiintyvät tyypillisen kuukautiskierron vastakkaisina aikoina. Syklin ensimmäisellä puoliskolla, ennen ovulaatiota, estrogeenitasot nousevat vähitellen. Tämä ei ainoastaan vähennä androgeenien vaikutuksia kehossa, vaan myös vähentää aknen esiintymistä. Keho saavuttaa estrogeenin huippunsa juuri ennen ovulaatiota, minkä jälkeen estrogeenitasot vähitellen vähenevät. Akne kasvaa yleensä ovulaation jälkeen luteaalivaiheena, ja siitä tulee pahin juuri ennen kuukautisia.
Syklin luteaalivaiheen aikana progesteroni, hormoni, jolla on sekä estrogeenimaisia että androgeenimaisia ominaisuuksia, nousee vähitellen. Progesteronin vaihtelut voivat lisätä turvotusta ja nesteen tasoa, mikä puolestaan puristaa huokoset kasvoille. Tämä huokoskoon pieneneminen pahentaa usein aknen oireita, koska se rajoittaa edelleen kehon kykyä poistaa ylimääräinen öljy.
Ehkäisypillerit tarjoavat huolellisesti hallittuja estrogeeni- ja progesteronitasoja verenkierrossa. Pitämällä estrogeenitasot yhtenäisinä koko kuukauden ajan, pillerit pystyvät vähentämään androgeenivaikutuksia luteaalivaiheen aikana yleisten hormonivaihtelujen vähentämisen lisäksi. Tämä johtaa lopulta aknen vähenemiseen monilla naisilla, erityisesti niillä, joilla oli vakava hormonitasapaino ennen hoidon aloittamista.