Estrogeenin ja follikkelia stimuloivan hormonin (FSH) välinen yhteys on se, että estrogeeni ja FSH ovat molemmat tärkeitä osia munasarjasyklissä, joka on prosessi, jolla nainen ovuloi; FSH sytyttää munasarjasyklin, mikä puolestaan sytyttää estrogeenin tuotannon. Toinen yhteys estrogeenin ja FSH: n välillä on, että ne ovat molemmat hormoneja, mikä tarkoittaa, että ne säätelevät kemikaaleja, jotka ohjaavat kehon fysiologisia toimintoja. Estrogeeni on sukupuolihormoni, kun taas FSH on gonadotropiini. Heidän roolinsa ovat hyvin erilaisia, vaikka molemmat kuuluvat naisten seksuaalisen lisääntymisen piiriin. FSH: n rooli on hallita kaikkia munasarjojen kehitysvaiheita syntymästä vaihdevuosiin saakka; estrogeenin tehtävänä on hallita ensisijaisesti naisen kuukautiskiertoa.
Sekä estrogeeni että FSH ovat välttämättömiä kuukautisten ja raskauden komponentteja. FSH käynnistää yksittäisen munantuotannon ja vapautuu 28 päivän välein, minkä vuoksi naisen on luotava kohdun limakalvo, joka voi pehmentää hedelmöittynyttä munasolua tai karkottaa lisääntymisjätteeksi kuukautisten aikana. Estrogeeni aiheuttaa kohdun limakalvon kasvua ja sakeutumista, joka tunnetaan myös kohdun limakalvona. Ilman estrogeenia ja FSH: ta naisten lisääntyminen ei olisi mahdollista.
Jokainen kuukausittainen munasarjasykli alkaa, kun aivolisäke vapauttaa FSH: n, mikä laukaisee munasolun tai munan muodostumisen johonkin naisen munasarjasta. Munankehityksen aikana munasolmu muodostuu ensin; tämä munarakkula, joka lopulta on suojaava pussi munan ympärillä, kunnes se kypsyy ja vapautuu munanjohtimiin ovulaatiota varten, erittää naishormonin estrogeenia. Erityisesti follikkelista lähtee estrogeenimuoto, joka tunnetaan nimellä estradioli. Vaikka muut kehon kudokset voivat tuottaa alhaisia estrogeenipitoisuuksia, FSH: n säätelemät munasolut ovat vastuussa suurista estrogeenin tuotantotasoista naisen kehossa.
14 päivän kuukautiskierron ensimmäisten 28 päivän aikana estrogeeni- ja FSH-pitoisuudet ovat korkeimmillaan, kun follikkeli kehittyy usean päivän aikana. 14. päivänä munan kypsymisen jälkeen se vapautuu follikkelista ja kulkee munanjohtimeen. Jäljelle jäänyt munarakkula, nimeltään corpus luteum, erittää edelleen pieniä määriä estrogeenia syklin 28. päivään asti, jolloin koko prosessi alkaa uudelleen sen jälkeen, kun FSH on uudistanut aktiivisuutensa.
Vaihdevuosien alkamisella on rajuja vaikutuksia sekä estrogeeniin että FSH: han. Ikääntyneet munasarjat lakkaavat vastaanottamasta FSH: ta ja jättävät huomiotta signaalit munasolujen tuottamiseksi. Tämä puolestaan johtaa estrogeenin tuotannon laskuun. Estrogeenin menetyksellä voi olla haitallisia vaikutuksia naisiin, koska lisääntymisen lisäksi estrogeeni edistää ihon kimmoisuutta, mielialan tasapainoa ja häpy- ja muiden emättimen osien terveyttä. Siksi monet lääkärit määräävät steroidista estrogeenia korvaamaan hormonin pitoisuudet, joita elimistö ei enää luonnollisesti tuota.