Imusysteemi ja immuunijärjestelmä ovat kaksi erillistä kehon järjestelmää, mutta ne ovat kietoutuneet toisiinsa monin tavoin. Immuunijärjestelmä on koko kehossa, mutta suurin osa sen aktiivisista komponenteista liikkuu imunestejärjestelmän fyysistä reittiä pitkin. Ilman imusolmukkeita immuunijärjestelmän eri toiminnot olisivat lähes hyödyttömiä. Suuri osa kehon puolustuksesta perustuu valkosoluihin ja ylimääräiseen hapen vapautumiseen imusysteemistä. Nämä solut kuljetetaan tarvittavalle alueelle taistellakseen hiukkasia vastaan, joita immuunijärjestelmä pitää vieraina ja mahdollisesti vaarallisina.
Imusysteemin ja immuunijärjestelmän välinen yhteys voidaan nähdä ensin imusolmukkeen toissijaisissa elimissä, imusolmukkeessa. Keho voi nähdä minkä tahansa proteiinin, kuten influenssavirukseen koodatun tai äyriäisissä esiintyvän proteiinin, antigeeninä. Eläinten allergiat voidaan yleensä jäljittää myös ei -toivotun proteiinin läsnäoloon, kuten kissojen allergisen reaktion tapauksessa, koska kissan hilse sisältää suuria määriä erityistä proteiinia. Imusolmukkeet saavat antigeenin verenkiertojärjestelmän kautta imusolmukkeiden kautta ja sitten “tuovat” antigeenin naiiville immuunijärjestelmän soluille, kuten CD4-T-soluille, aloittaakseen älykkään immuunivasteen muodostumisen aineelle. Imusolmukkeissa on myös suuri pitoisuus immuunijärjestelmän makrofageja tai soluja, jotka sulavat ei -toivottua ainetta, mikä auttaa puhdistamaan verta ja itse imusolmuketta.
Lymfosyytit, joiden tiedetään olevan tärkeitä sekä imukudoksessa että immuunijärjestelmässä, ovat eräänlainen geneerinen valkosolu, jonka keho voi erottaa erityisiä immuunivälitteisiä tehtäviä varten. Lymfosyytit kasvavat luuytimessä, erityisesti kehon pitkissä luissa, kuten reisiluussa. Jotkut lymfosyyteistä siirtyvät kateenkorvaan ja erotetaan T-soluiksi, jotka tunnistavat, hyökkäävät tai tuhoavat taudinaiheuttajia eri tavoin, riippuen siitä, minkä tyyppisestä T-solusta lymfosyytti tulee. Lymfosyytit voidaan myös jakaa B-soluihin, kun ne ovat vielä luuytimessä. Kypsymisen jälkeen B-solut myötävaikuttavat imunestejärjestelmään ja immuunijärjestelmään tuottamalla ja nopeuttamalla vasta-aineita taistelemaan jo tunnistettuja tarttuvia hiukkasia vastaan koko kehossa.
Allergiat pölylle, homeille ja siitepölylle ovat myös imunestejärjestelmän ja immuunijärjestelmän välittämiä. Ärsyttävälle aineelle altistumisen jälkeen allergiset ihmiset tuottavat sille herkkiä vasta-aineita, T-soluja ja B-soluja. Vasta -aineet sitoutuvat syöttösoluihin, toisen tyyppiseen valkosoluun, joka tuottaa histamiinia, joka on syyllinen useimpiin ilmeisiin allergisiin oireisiin.