Suurin yhteys kehon hajun ja sairauden välillä on oireisten sivuvaikutusten alueella. Kehon haju voi olla tietyn sairauden toissijainen oire, joten tällaista ongelmaa on yleensä mahdollista hallita lääkärin valvonnassa. Paras tapa, jolla henkilö voi selvittää, esiintyykö jatkuvaa hajua sairauden vuoksi bakteerien tai hormonaalisten muutosten sijasta, on oppia lisää taudista, kiinnittää huomiota kehon hajujen muutoksiin ja ilmoittaa muutoksista lääkärille.
Tunnetuin korrelaatio kehon hajun ja sairauden välillä esiintyy potilailla, jotka kärsivät hyperhidroosista, joka tunnetaan myös liiallisena hikoiluna. Vaikka liikahikoilu on vakava tila suurimman osan ajasta, sen yleisimmät sivuvaikutukset ovat kosteus ja lisääntynyt kehon haju. Parhaita hajujen ehkäisymuotoja ihmisille, jotka kärsivät tästä taudista, ovat usein uiminen yhdessä antiperspiranttien, deodoranttien ja toisinaan antikolinergisten lääkityshoitojen kanssa.
Ihmiset, jotka kärsivät diabeteksesta, saattavat huomata muuttuvan kehon hajuoireita toistuvasti. Useimmissa tapauksissa diabeteksen epämiellyttävän kehon hajun syy johtuu verensokerin virheellisestä hallinnasta, mikä voi johtaa ketoasidoosiin tai kohonneisiin ketonikappaleisiin veressä tai kehon kudoksessa. Jotta tämäntyyppinen yhteys kehon hajujen ja sairauksien välillä voidaan välttää, diabeetikoiden tulee noudattaa tiukasti määrättyjä hoitosuunnitelmia, jotka on suunniteltu hallitsemaan ja ylläpitämään verensokeritasojaan.
Yksi harvinainen yhteys kehon hajun ja sairauden välillä on trimetyyliaminuria, geneettinen sairaus, jossa keho ei kykene käsittelemään trimetyyliamiini -nimistä yhdistettä. Kun tämä yhdiste kerääntyy kehon kudoksiin, sairastunut henkilö tuottaa usein epämiellyttävää kehon hajua, joka haisee paljon kuin mätänevä kala. Useimmiten trimetyyliaminuria johtuu autosomaalisista resessiivisistä FMO3-geenimutaatioista, mutta toisinaan syyllinen on munuaissairaus, ruokavalion proteiinit-kuten munista, palkokasveista tai kaloista-tai trimetyyliamiinia aiheuttavien bakteerien lisääntyminen ruoansulatusjärjestelmässä.
Toinen sairaus, joka johtaa epämiellyttävään kehon hajuun, on fenyyliketonuria (PKU), harvinainen aineenvaihduntahäiriö, joka voi vahingoittaa hermostoa ja aiheuttaa henkistä hidastumista. Monet vanhemmat tuntevat tämän taudin jonkin verran, koska ensimmäinen vastasyntyneen testi on usein PKU -testi, joka suoritetaan yleensä pian syntymän jälkeen vauvan kantapäästä otetulla verinäytteellä. Sen vakavampien oireiden lisäksi ihmiset, joilla on PKU, antavat usein tunkkaista kehon hajua aminohappo fenyylialaniinin liiallisuuden vuoksi.
Muut kehon haju- ja sairaustapaukset voivat ilmetä oireellisesti ihmisillä, jotka kärsivät maksasairaudesta, alkoholismista tai sieni -infektioista. Ruokavalion epätasapaino ja kivennäisaineiden puute voivat myös aiheuttaa kehon hajua. Lääkärin tai muun terveydenhuollon ammattilaisen kuuleminen saattaa auttaa paljastamaan kehon hajujen muutoksen taustalla olevat syyt.