Keskiaivojen ja ponien välinen yhteys on, että ne ovat molemmat osa aivorunkoa. Fyysisesti keskiaivot ja ponsit ovat aivan toistensa ylä- ja alapuolella. Keskiaivot istuvat aivorungon ylimmässä yläosassa ja ponsit suoraan keskiaivojen alla. Ero keskiaivojen ja ponien välillä on kuitenkin se, että ne suorittavat erilaisia toimintoja. Lisäksi, vaikka keskiaivot ja ponsit ovat molemmat aivorungon erillisiä osia, pons on itse asiassa myös osa taka -aivoista.
Yleensä aivorungon yleinen tehtävä on helpottaa ja mahdollistaa viestintä aivojen ja keskushermoston muodostavan selkäytimen välillä. Keskiaivot, joka tunnetaan myös nimellä mesencephalon, sijaitsevat etusaivojen ja ponsien välissä. Osana aivorunkoa keskiaivojen vastuulla on koordinoida viestit aivojen ja selkäytimen välillä. Tämän toiminnon lisäksi keskiaivot ovat myös vastuussa joistakin reflekseistä ja joistakin vapaaehtoisista liikkeistä. Esimerkiksi keskiaivot koordinoivat silmien refleksejä. Se auttaa myös koordinoimaan ryhtiä ja kävelyä.
Pons tai metencephalon sijaitsee väliaivojen ja ytimen välissä, toinen osa taka -aivoista, joka muodostaa myös muun aivorungon. Pons yhdistää myös ytimen pikkuaivoon. Kuten keskiaivot, ponsit auttavat koordinoimaan viestien siirtoa aivoissa ja toimivat siltana aivojen, selkäytimen ja pikkuaivojen välisessä viestinnässä. Pons vastaa myös muista toiminnoista, kuten auttamisesta hengityksen säätelyssä sekä moottorin impulssien ja aivoihin ja kasvoihin lähetettävän aistitiedon aloittamisesta tai lopettamisesta.
Keskushermosto koostuu pohjimmiltaan aivoista ja selkäytimestä. Aivot lähettävät motorisia viestejä selkäytimeen, joka lähettää ne sitten oikeaan kehon osaan. Selkäydin puolestaan lähettää aistiviestejä aivoihin. Tämän viestinnän avulla ihmiskeho voi toimia sellaisena kuin se toimii, ja koska aivorungolla on tärkeä rooli tässä viestinnässä ilman aivorunkoa, aivojen ja kehon välinen tiedonvaihto menetetään. Sellaisena on selvää, että keskiaivot ja ponsit ovat kaksi pientä, mutta erittäin tärkeää keskushermoston osaa.