Jotkut ihmiset ovat teoreettisesti arvioineet, että kofeiinin ja kolesterolin välinen yhteys voi olla haitallinen, ja ovat kyseenalaistaneet, voisivatko kahvin tai muiden kofeiinipitoisten juomien juominen johtaa ihmisen kolesterolitasojen nousuun. Toistaiseksi useimmat tutkimukset eivät ole osoittaneet tällaista yhteyttä. Tämä ei kuitenkaan tarkoita sitä, että kofeiinipitoisten juomien juomisella ei olisi haitallisia vaikutuksia. Esimerkiksi joillakin ihmisillä on kofeiinin käyttöön liittyviä päänsärkyjä tai jopa kehittyy riippuvuus siitä.
Usein kofeiinin ja kolesterolin välistä suhdetta analysoivissa keskusteluissa keskitytään kahviin. Tämä voi johtua siitä, että suuri joukko ihmisiä juo kahvia päivittäin. Tosiasia on kuitenkin, että suodatetun kahvin ei ole havaittu nostavan henkilön kolesterolitasoa. Samoin kahvin kulutusta ei ole yhdistetty sydänsairauksiin, jotka liittyvät kolesteroliin. Lisäksi tutkimukset eivät ole osoittaneet yhteyttä kofeiinin ja kolesterolin välillä ihmisillä, jotka juovat paljon teetä ja soodaa.
Mielenkiintoista on, että jotkut tutkimukset ovat osoittaneet mahdollisen yhteyden kohonneiden kolesterolitasojen ja henkilön kahvinkulutuksen välillä. Tämä yhteys ei kuitenkaan johdu kahvijuoman kofeiinista. Sen sijaan vain suodattamattomalla kahvilla näyttää olevan haitallinen vaikutus ihmisen veren kolesterolitasoon. Tällaisessa tapauksessa ongelman syy on suodattamattomasta kahvista löytyvät terpeenit. Terpeenit ovat öljyjä, joita esiintyy paitsi tavallisessa kahvissa, jota ei ole suodatettu, vaan myös espressossa.
Vaikka tutkimukset ovat osoittaneet, että kofeiini ei todennäköisesti lisää henkilön veren kolesterolitasoa, tämä ei tarkoita, että aineella ei olisi vaikutusta kehoon. Kofeiini on piriste, joka voi nostaa sydämen sykettä ja valppautta. Se voi myös vaikuttaa henkilön nukkumismalleihin vaikeuttamalla hänen nukahtamistaan tai nukahtamistaan. Jotkut ihmiset voivat myös kokea päänsärkyä, kun he juovat suuria määriä kofeiinia tai kun he eivät käytä sitä niin paljon kuin tavallisesti.
Sen lisäksi, että kofeiinin ja kolesterolin välillä ei näytä olevan yhteyttä, useimmat tutkijat ovat yhtä mieltä siitä, että kofeiini ei yleensä ole haitallista keholle. Jos henkilö on perusterveydeltään hyvä, kofeiinin kohtuullinen nauttiminen ei yleensä ole haitallista. Liiallinen kofeiinin käyttö voi kuitenkin aiheuttaa terveysongelmia.