Raja -persoonallisuushäiriö ja kaksisuuntainen mielialahäiriö ovat kaksi erillistä diagnoosia, jotka joissakin tapauksissa näyttävät hyvin samanlaisilta ja jotka voivat joissakin tapauksissa mennä yhteen. Molemmissa potilaat pyöräilevät maanisista tunnelmista, joille on ominaista korkea energia, positiiviset tunteet ja impulsiivinen käyttäytyminen, masentaviin tunnelmiin, joissa henkilö on surullinen, ärtynyt ja unelias. Potilailla, joilla on rajaperäinen persoonallisuushäiriö, diagnosoidaan kaksisuuntainen mielialahäiriö hieman useammin kuin potilailla, joilla on muita persoonallisuushäiriöitä, mikä osoittaa mahdollisen yhteyden näiden kahden välillä. Näiden kahden häiriön taustalla olevat syyt näyttävät kuitenkin olevan erilaisia; Kaksisuuntainen mielialahäiriö näyttää olevan sidoksissa aivojen kemialliseen epätasapainoon, kun taas rajaperäinen persoonallisuushäiriö näyttää olevan sidoksissa läheisesti henkilökohtaisen ja emotionaalisen kehityksen viivästymiseen.
Raja -persoonallisuushäiriön ja kaksisuuntaisen mielialahäiriön oireet voivat usein olla samat, vaikka on olemassa tekijöitä, jotka erottavat ne. Molempien häiriöiden ensisijainen piirre on siirtyminen maanisesta masennustilaan; Potilaat voivat siirtyä onnellisuudesta, riemusta ja energisyydestä heikkoon energiaan ja negatiiviseen oloon. Näiden oireiden esitys eroaa kuitenkin siitä, kuinka usein potilaat vaihtavat mielialaa; kaksisuuntaista mielialahäiriötä sairastavat pitävät tyypillisesti saman mielialan viikkoja tai kuukausia ennen vuoron vaihtamista, kun taas raja -persoonallisuushäiriöstä kärsivät ihmiset voivat siirtyä mielialan välillä hyvin nopeasti, päivittäin tai jopa tunneittain.
Näyttää siltä, että on olemassa jokin mahdollinen yhteys todennäköisyydellä diagnosoida sekä raja -persoonallisuushäiriö että kaksisuuntainen mielialahäiriö. Tutkimukset ovat osoittaneet, että on todennäköisempää, että jollakin todetaan kaksisuuntainen mieliala yhdessä raja -persoonallisuuden kanssa kuin muilla persoonallisuushäiriöillä. Yhteyttä ei kuitenkaan pidetä vahvana, ja se voi myös johtua virheellisestä diagnoosista näiden kahden samankaltaisten oireiden vuoksi.
Vaikka raja -persoonallisuushäiriö ja kaksisuuntainen mielialahäiriö voivat usein esiintyä samalla tavalla, on yleisesti sovittu, että kummankin perimmäiset syyt ovat hyvin erilaisia. Esimerkiksi kaksisuuntaisen mielialahäiriön potilaiden mielialanvaihteluja esiintyy usein ilman ilmeistä syytä; tämä viittaa aivokemian ongelmiin, joiden uskotaan laukaisevan ne. Toisaalta ne, joilla on rajallinen persoonallisuushäiriö, kokevat usein mielialan muutoksia vastauksena ympäristön tai tilanteiden stressitekijöihin. Tämä johtuu yleensä siitä, että näiden potilaiden katsotaan kärsivän emotionaalisen kypsyyden puutteesta, mikä saa heidät katsomaan tilanteita mustavalkoisina, mikä tekee heistä erittäin herkkiä ja temperamenttisia.