Soijaruokia on kulutettu tuhansia vuosia, ja monet tutkimukset raportoivat useita sen saamiseen liittyviä terveyshyötyjä. Tutkimukset ovat ehdottaneet yhteyttä soijaisoflavonien ja hedelmällisyyden välillä, mikä viittaa siihen, että soijatuotteiden, kuten soijamaidon tai tofun, kulutus voi lisätä mahdollisuuksia tulla raskaaksi. Soija -elintarvikkeissa esiintyvät soija -isoflavonit voivat sitoutua kehon solujen estrogeenireseptoreihin, mikä mahdollisesti aiheuttaa ovulaation ja lisää mahdollisuuksia tulla raskaaksi. Vaikka soijan isoflavonit ja hedelmällisyys ovat korreloineet positiivisesti useissa tutkimuksissa, jotkut tutkimukset viittaavat siihen, että soijaruokien liiallinen kulutus voi heikentää hedelmällisyyttä.
Jotkut tutkimukset, jotka koskevat ravitsemusta ja sen vaikutusta hedelmällisyyteen, osoittavat, että soijaisoflavonit, soijaruokien kemialliset yhdisteet, voivat auttaa lisäämään joidenkin ihmisten hedelmällisyyttä stimuloimalla estrogeenia ja ovulaatiota. Soijaisoflavonit ja hedelmällisyystutkimukset osoittavat, että soija toimii fytoestrogeenina ja sitoutuu heikosti solujen estrogeenireseptoreihin. Tutkijat uskovat, että soija -isoflavonit ovat rakenteeltaan samankaltaisia kuin luonnollinen estrogeeni, hormoni, joka on vastuussa naisten toissijaisista sukupuoliominaisuuksista ja joka edistää ovulaatiota ja hedelmällisyyttä naisilla. Sitoutumalla aivojen estrogeenireseptoreihin solujen oletetaan vapauttavan enemmän follikkelia stimuloivaa hormonia, joka auttaa kypsymään follikkelia, vapauttamaan estrogeenia ja käynnistämään luteinisoivan hormonin ovulaation stimuloimiseksi.
Kun naisilla on vaikeuksia tulla raskaaksi, jotkut lääkärit ja ravitsemusterapeutit suosittelevat soijaruokia isoflavonipitoisuuden vuoksi. Soijaruokien kulutuksella näyttää olevan suurempi vaikutus naisiin hedelmällisyyden lisäämisessä, mutta joidenkin tutkimusten mukaan siitä voi olla hyötyä miehille. Näillä soijan isoflavoneja ja miesten hedelmällisyyttä koskevilla tutkimuksilla näyttää olevan ristiriitaisia tuloksia, mutta ne kuitenkin lisäävät mahdollisuutta auttaa joitain miehiä parantamaan siittiöiden laatua. Tarkat vaikutukset ovat tällä hetkellä tuntemattomia, ja tarvitaan lisää tutkimusta sen määrittämiseksi, voidaanko soijaa käyttää tulevissa hedelmällisyyshoidoissa.
Soijaruokien liiallinen kulutus on yhdistetty joissakin tutkimuksissa hedelmällisyyden heikkenemiseen. Koska soijaisoflavonit ovat rakenteeltaan samanlaisia kuin estrogeeni ja auttavat vapauttamaan ylimääräistä estrogeenia, on myös ehdotettu, että soija voi lisätä rintasyöpäriskiä. Nämä tutkimukset ovat myös ristiriitaisia, eikä niissä ole vakuuttavia vastauksia, jotka viittaavat välttämiseen tai ruokavalio, jossa soijaruokien, kuten soijamaidon, tofun tai soijakastikkeen, saanti on kohtuullista.