Virtsan ja lisääntymisjärjestelmän välinen yhteys on näiden järjestelmien varhaisessa sikiönkehityksessä ja järjestelmien anatomisissa paikoissa. Ihmisten virtsa- ja lisääntymisjärjestelmät luodaan samasta alkionkerroksesta sikiön kehityksen aikana. Sikiön kypsymisen ensimmäisen kolmanneksen aikana nämä kaksi järjestelmää eriytyvät ja muodostavat kaksi erillistä kehon toimintoa. Virtsajärjestelmä kehittyy kehon toimintojen järjestelmäksi jätteiden poistamiseksi ja lisääntymisjärjestelmä kehon toimintojen järjestelmäksi, jonka ainoa tarkoitus on säilyttää laji.
Virtsa- ja lisääntymisjärjestelmät kehittyvät mesodermikerroksesta. Tästä kerroksesta kehittyy munuaiset, sukurauhaset, Wolffian kanavat ja Müllerian kanavat. Wolffian kanavat surkastuvat naisilla, mutta kehittävät edelleen siemenrakkuloita, verisuonia, lisäkiveä ja siemensyöksykanavaa miehillä. Müllerian kanavat muodostuvat naisille kohtuun, munanjohtimiin ja emättimeen. Sukurauhasista tulee miehillä kivekset ja naisilla munasarjat.
Myöhemmin kehityksessä, kun munuaiset ovat nousseet paikoilleen, virtsarakko muodostuu osista Wolffian kanavia ja endodermaalista kloaakaa. Virtsaputki muodostuu kokonaan naaraille ja osittain miehille endodermaalisen kloakan avulla. Loput miesten virtsaputkesta kehittyvät ulkoisista sukuelimistä.
Miehillä virtsa- ja lisääntymisjärjestelmät ovat hieman päällekkäisiä. Miesten virtsaputkella on kaksi tarkoitusta sekä virtsan poistamiseksi että siittiöiden siemensyöksyksi. Virtsa muodostuu munuaisiin jätemateriaalina ja kulkee virtsajohtimia pitkin virtsarakkoon varastoitavaksi, kunnes se poistuu kehosta. Virtsaamispisteessä virtsa virtaa virtsarakosta virtsaputken läpi ja poistuu kehosta peniksestä.
Urospuolisten sukurauhasten kutsutaan kiveksiksi. Siittiöt kehittyvät kiveksissä ja varastoidaan lisäkiveksen kelaihin. Ennen siemensyöksyä siittiöt kulkevat varastosta epididymiksessä vas deferensin kautta, joka sijaitsee virtsarakon takana ja yhdistää virtsaputkeen. Siittiöt siemennetään sitten kehosta virtsaputken kautta peniksen pään läpi.
Naisilla virtsa- ja lisääntymisjärjestelmä on erotettu toisistaan, vaikka sekä virtsaputki että emättimen aukko sijaitsevat emättimen häpyhuulissa. Kuten miehillä, virtsaa muodostuu munuaisissa ja kulkee virtsarakkoon virtsajohtimien kautta. Virtsaa vapautuu naisesta virtsaputken kautta, joka sijaitsee häpyhuulten sisällä olevan emättimen aukon edessä.
Munat syntyvät naarasrauhasissa tai munasarjoissa. Tyypillisesti yksi muna kulkee munasarjoista munanjohtimiin ja lopulta kohtuun. Jos munasolu ei hedelmöity, alkaa kuukautiset, jolloin kohdun kohdun limakalvon kerros ja hedelmöittymätön muna pääsevät kohdunkaulan kautta emättimeen ja ulos kehosta emättimen aukon kautta.