Yliopiston organisaatiorakenne viittaa hierarkiaan, jonka kautta vastuun siirtäminen tapahtuu. Tämä antaa työntekijöille ja opiskelijoille tunteen siitä, kuka vastaa kenelle ja kenen puoleen puuttua ongelman ilmetessä. Yliopiston erityinen organisaatiorakenne voi vaihdella oppilaitoksesta riippuen, mutta useimmissa tapauksissa johtotaso on korkein organisaatiotason portaikko. Tähän tasoon kuuluvat korkeakoulun tai yliopiston presidentti sekä kansleri, jos sellainen on, ja johtokunta, jos sellainen on. Muita tämän tason tehtäviä ovat rahastonhoitajat ja provostajat sekä varapresidentti tai varapresidentit.
Vaikka useimmissa tapauksissa korkeakoulussa tai yliopistossa on vain yksi presidentti, yliopiston organisaatiorakenteessa voi olla useita varapresidenttejä. Nämä varapresidentit voivat olla vastuussa monista eri tehtävistä pienemmissä yliopistoissa, kun taas he voivat käsitellä vain yhtä tai kahta korkeakoulun tehtävän aluetta paljon suuremmissa yliopistoissa. Esimerkiksi opiskelija -asioiden varapuheenjohtaja käsittelee ensisijaisesti opiskelijoiden toimintaa, ongelmia, saavutuksia ja talousarviota koskevia huolenaiheita. Rahoituksen varapresidentti käsittelee yksinomaan yliopiston rahoitusta, ja hänen lainkäyttövallansa voivat ulottua kaikkiin yliopiston osastoihin.
Akateemiset dekaanit ovat yliopiston organisaatiorakenteen eri osastojen johtajia. Esimerkiksi englanninkielisellä osastolla on dekaani, joka pääasiallisesti johtaa tai muuten valvoo kaikkia kyseisen osaston toimintoja. Biotieteiden dekaani johtaa tiettyä osastoa yliopiston tieteissä, ja lääketieteen dekaani valvoo kaikkia yliopiston tarjoamia lääketieteellisiä ohjelmia. Dekaani voi olla muissa tehtävissä yliopistorakenteessa, vaikka tämä ei ole yleistä joissakin kouluissa. Ohjelmissa voi olla myös apulaisdekaaneja, jotka vastaavat dekaanille; nämä henkilöt ovat vastuussa osaston johtamisesta ja osaston erityiskysymysten käsittelystä.
Yliopiston organisaatiorakenne voi haarautua sieltä sisältämään muita ohjelmia, kuten urheiluohjelmia, maanhoitoa, opiskelijahallitusta, asunto -osastoja ja paljon muuta. Erityinen paikka näiden tehtävien hierarkiassa voi vaihdella yliopiston painopisteiden mukaan. Monissa tapauksissa voi tapahtua uudelleenjärjestely rakenteen priorisoimiseksi uudelleen, jotta varat kohdennetaan asianmukaisesti ja työsuhteet käsitellään asianmukaisesti. Organisaatiouudistus voi olla vaikeaa ja stressaavaa kaikille yliopistorakenteen jäsenille, joten on usein parasta löytää toimiva järjestelmä ja pitää siitä kiinni.