Kaikilla yrityksillä on jonkin verran ympäristövaikutuksia; historiallisesti yritykset eivät aina ottaneet huomioon ympäristövaikutuksiin liittyviä kustannuksia. Ympäristöjohtamisen kirjanpidon avulla yritys voi tunnistaa nämä kustannukset toiminnassaan, sekä johtamisessa että kirjanpidossa. Kun painopisteet muuttuvat ja yritykset tarkastelevat enemmän ympäristövaikutuksiaan, tarve ympäristöjohtamisen kirjanpitoon kasvaa. Ympäristöjohtamisen kirjanpidon yhteisiä toimintoja ovat ympäristön käytön arviointi, yrityksen prosesseihin liittyvien kustannusten laskeminen, ympäristöystävällisten prosessien suunnittelu ja tulevan toiminnan seuranta.
Jotkut yritykset käyttävät ympäristöresursseja enemmän kuin toiset. Raaka -aineiden käyttö on usein suurinta valmistusteollisuuden yrityksissä, ja puu, kivi, metalli ja vastaavat ovat kaikki valmistusyritysten käyttämiä luonnonvaroja. Omistajien ja johtajien on tarkasteltava yrityksensä näiden kohteiden käyttöä ja otettava huomioon luonnonvarojen korvauskustannukset. Kaikkien jätteiden hävityskustannukset voivat myös vaikuttaa yrityksen ympäristövaikutuksiin. Ympäristöhallinnon kirjanpito vaatii usein yrityksiä sisällyttämään prosessit tällaisten resurssien käytön ja hävittämisen kustannusten mittaamiseen.
Ympäristöhallinnon kirjanpitoon liittyvät kustannukset voivat olla todellisia tai ei-liiketoiminnallisia. Todelliset kustannukset edustavat tavanomaisesta liiketoiminnasta maksettuja todellisia kustannuksia. Kirjanpitäjät käyttävät vakiotyökaluja, kuten tuotteiden hinnoittelua, budjetointia, säästö- ja hyötyanalyysiä sekä tavanomaisen hallinnon kirjanpidossa olevia nykyarvon laskelmia. Niiden soveltaminen työkaluihin ympäristötoiminnoissa mahdollistaa liiketoimintaprosessien todellisten kustannusten seurannan.
Joissakin tapauksissa yritykset voivat joutua muiden kuin liiketoiminnan kustannusten kirjanpidon ansaan. Tämä tapahtuu, kun yritys joutuu ulkoisten voimien, kuten yleisen mielipiteen tai valtion virastojen, tuleen. Kustannusten kattaminen, jotka eivät liity yrityksen todellisiin prosesseihin, voi olla liukas rinne, koska yritys tekee itsensä osallisiksi toimista, jotka eivät ole heidän omiaan.
Ympäristöhallinnon kirjanpito tarjoaa myös mahdollisuuden yrityksille löytää halvempia vaihtoehtoja ympäristöasioiden käsittelyyn. Yritykset käyttävät usein varoja ympäristönsuojeluun osana normaalia liiketoimintaa. Esimerkiksi puiston ylläpitäminen suurelle yleisölle voi auttaa ottamaan keskittymisen pois yrityksestä, koska se käyttää muita luonnonvaroja. Tämä auttaa myös yritystä kestämään negatiivista palautetta henkilöiltä, jotka väittävät, että yritys käyttää liikaa resursseja. Jätteen vähentäminen on toinen tapa, jolla yritykset voivat leikata ympäristökirjanpitokustannuksia. jäte voidaan siirtää toissijaisiin prosesseihin tai luovuttaa hyväntekeväisyysjärjestölle, mikä vähentää kokonaishävikkiä ja parantaa yrityksen hyvää tahtoa kuluttajien kanssa.