Etanolikustannukset voidaan määrittää rikkomalla tämän vaihtoehtoisen polttoaineen valmistuksessa käytetyt tuotteet ja palvelut. Useimmissa tapauksissa polttoainelaatuisen etanolin luominen vaatii tärkkelyksen lähteen, tuotantolaitoksen ja lisäaineita, jotka muuttavat tärkkelyksen sokeriksi ja poistavat veden etanolista. Muita etanolikustannuksiin vaikuttavia tekijöitä voivat olla polttoaineen kuljetus ja etanolin tuotantolaitoksen ylläpito.
Yleisin etanolin valmistuksessa käytetty tärkkelyslähde on maissi. Maissia voidaan kasvattaa yksinomaan etanolin tuottamiseksi tai sekä etanolia että ihmisravinnoksi. Etanolilaatuisen maissin ja elintarvikelähteenä käytettävän maissin välillä ei ole eroa. Etanolikustannukset vaihtelevat maissin nykyisen markkinahinnan tai minkä tahansa muun tärkkelyksen muodon mukaan etanolipolttoaineen valmistuksessa.
Valmistuslaitokset edellyttävät maissista tai muusta lähteestä peräisin olevan tärkkelyksen muuttamista etanoliksi. Nämä tilat voidaan varustaa tislaamoilla, käymisastioilla ja sekoittamiseen käytetyillä altailla. Tällaisen biojalostamon haluttu teho voi vaikuttaa etanolin valmistukseen käytettävien laitteiden kokoon. Nämä tekijät on otettava huomioon määritettäessä etanolikustannuksia.
Etanolin valmistukseen käytettävien tärkkelysten muuttamiseksi puhtaiksi alkoholiksi tarvitaan entsyymejä ja lisäaineita. Vuodesta 2005 lähtien yksi uusimmista entsyymeistä, joita käytettiin maissitärkkelyksen muuntamiseen sokeriksi, oli alfa-amylaasientsyymi. Muita tarvittavia lisäaineita voivat olla mikro -organismit sokerin muuttamiseksi alkoholiksi sekä imukykyiset materiaalit veden poistamiseksi etanolista tuotannon lopussa. Kaikki nämä materiaalit voivat vaikuttaa etanolin kokonaiskustannuksiin.
Kun etanoli on valmistettu, biopolttoaine on ehkä siirrettävä varastoon tai laitokseen, jossa etanolia sekoitetaan perinteiseen bensiiniin. Monet kaupungit vaativat polttoaineen sekoittamista 10% etanoli -90% bensiinisuhteella, jotta voidaan vähentää tätä polttoainetta käyttävistä autoista peräisin olevia kasvihuonekaasuja. Etanolia voidaan myös sekoittaa suhteessa 85% etanolia ja 15% bensiiniä, jolloin saadaan niin kutsuttu E85 -etanoli. Kuljetuskustannukset voivat myös muuttaa etanolin hintaa.
Etanolin tuotanto edellyttää myös biojalostamon ylläpitoa. Työntekijät pyrkivät usein tuottamaan etanolia ja pitämään biojalostamon täydellä teholla. Etanolin tuotannon jokaisessa vaiheessa käytettävien koneiden huolto saattaa vaatia järjestelmällistä puhdistusta, korjausta ja päivittämistä, jotta toiminta jatkuu turvallisesti ja tehokkaasti. Tällaisen ylläpidon kustannukset ja palkat voidaan myös lisätä etanolikustannuksiin.