Hyvin laajassa merkityksessä Malesian maa sijaitsee Kaakkois -Aasiassa Intian ja Kiinan välissä. Maan maantieteellisen sijainnin määrittämiseksi maa on sijoitettu 7 astetta päiväntasaajan pohjoispuolelle. Päiväntasaaja on näkymätön raja, joka erottaa maan pohjoisesta ja eteläisestä pallonpuoliskosta. Päiväntasaajan maissa on yleensä kuuma ja märkä sää, ja Malesian läheisyys päiväntasaajaan antaa sille trooppisen ilmaston. Naapuri Indonesia, sekä etelään että itään, sijaitsee aivan päiväntasaajan linjalla.
Malesian kaksi pääosaa erotetaan Etelä -Kiinan ja Sulunmeren vesillä. Niemimaalla tai maan länsiosassa on Thaimaa, kun taas itäinen osa sijaitsee Borneon saaren luoteisosassa. Itä -Malesia Borneolla on jaettu kahteen osavaltioon: Sabah ja Sarawak. Brunei on naapurimaa Borneon saarella.
Kambodža ja Vietnam sijaitsevat Malesian pohjoispuolella, kun taas Filippiinit ovat koilliseen. Singapore on etelässä sijaitsevan niemimaan alueen vieressä. Malesian koon sanotaan olevan verrattavissa Amerikan New Mexicon osavaltioon sekä Vietnamin ja Norjan maihin.
Malesian sijainti on kaupallisesti merkittävä siinä mielessä, että se sijaitsee lähellä Malakan salmea. Tämä on yksi maailman tärkeimmistä laivastoista. Malaccan salmi on kansainvälinen kauppareitti, joka tunnetaan helposta navigoinnista suurille kaupallisille aluksille. Malesian vienti sisältää palmuöljyä, kumia, kaakaota ja mausteita sekä teollisia rakennustuotteita.
Andamaanienmeri Länsi -Malesiassa on suosittu matkailualue, sillä siellä on kuohuviiniä sinisiä vesiä ja jauhemaisia valkoisia rantoja. Läheisen Malaccan salmen kauppa -alusten sijaan Andamaanienmerelle pääsee enimmäkseen jahteilla ja purjeveneillä. Johorin salmi on toinen Länsi -Malesian matkailualue. Vaikka Port Klang Johorissa on merkittävä satama, Lido Beach -alue on lomakohde matkailijoille. Aivan Johorin salmen takana on Singaporen maa.
Silta nimeltä The Second Link yhdistää Singaporen Malesian Johorin osavaltioon. Silta rakennettiin tammikuussa 1998 rajojen liikenneruuhkien vähentämiseksi. Suurin osa strategiasta onnistui. Suurin ruuhkien määrä Malesian ja Singaporen rajalla on pääasiassa lomien, kuten kuun uudenvuoden, aikana.