Apteekin kirjanpitäjä on vastuussa tämän tyyppisen liiketoiminnan taloudellisten velvoitteiden kirjaamisesta, ylläpitämisestä ja sovittamisesta. Apteekin kirjanpitäjän keskimääräiset velvollisuudet edellyttävät apteekkien omistajien velkojen seurantaa muille myyjille. Tämä työ vaatii myös kirjanpitäjiä kirjaamaan erääntyneet saldot jokaisen asiakkaan tilille. Nämä kirjanpitäjät pitävät myös asiakkaitaan ajan tasalla mahdollisista vuosittain maksettavista yritysverovelvoitteista. Muita kirjanpitovaatimuksia voivat olla varastotietojen pitäminen ja palkkatarkistusten laatiminen yrityksen teknikolle ja apteekille.
Tyypillisellä apteekkikirjanpitäjällä on hyvät tiedot paikallisista ja kansallisista verosäännöistä, joita sovelletaan kyseiseen alaan. Apteekit ovat joskus verovelvollisempia kuin muut yritykset, ja kokenut kirjanpitäjä voi yleensä auttaa omistajia suorittamaan maksut ajallaan välttäen seuraamuksia. Jotkut tehtävät edellyttävät myös suunnitelman laatimista apteekin omistajalle vuositulojen lisäämiseksi ja tarpeettomien käyttökustannusten vähentämiseksi.
Veroilmoitusmenettelyjen lisäksi työnkuva sisältää rutiininomaisia kirjanpitotehtäviä yrityksen tulojen ja kulujen seuraamiseksi. Nämä kirjanpitäjät pitävät yleensä kuukausittaisten velkojen ja hyvitysten pääkirjoja sekä tulevia maksupäiviä. Koska apteekit antavat usein sairausvakuutuksen piiriin kuuluvia lääkkeitä, myös apteekkikirjanpitäjän on yleensä tallennettava tällaiset tiedot useimmissa tapauksissa. Näissä taloudellisissa raporteissa luetellaan yleensä summat, jotka asiakkaiden vakuutussuunnitelmat maksavat, verrattuna apteekkiin maksettaviin summiin.
Apteekkikirjanpitäjillä voi olla muita työtehtäviä, jotka edellyttävät, että he vastaavat olemassa olevia lääkekertomuksia toimittajille maksetuista määristä. Suuremmat apteekit voivat palkata erillisen inventaarioasiantuntijan suorittamaan fyysisiä inventointeja ja esittämään nämä tiedot kirjanpitäjälle. Kirjanpitäjä kirjaa tyypillisesti jokaisen apteekkituotteen numeron ja varmistaa, että kunkin hinnan hinnat ovat oikein. Kirjanpitäjien on myös tiedettävä, mistä löytää yleisiä tietuevirheitä ja miten ne korjataan. Apteekit, joilla on pienemmät varastot, voivat jättää fyysisen varaston ja taloudellisen täsmäytyksen kirjanpitäjän tehtäväksi.
Palkanlaskenta on toinen apteekkikirjanpitäjän yhteinen vastuu. Monet apteekit vaativat kirjanpitäjää seuraamaan työntekijöiden tunteja, henkilökohtaisia palkkatasoja ja yleensä pidättämään palkkaverot. Tällaiseen työtehtävään kuuluu usein palkkojen valmistelu, myöntäminen ja kirjaaminen apteekin määrättyinä palkkapäivinä. Kirjanpitäjä voi myös järjestää sähköisiä suoria talletuksia apteekkien työntekijöiden pankkitileille.