Eläinterapeutin tehtävät voivat vaihdella melko paljon riippuen siitä, millaista työtä terapeutti valitsee tekevänsä ja mistä tahansa erikoisalasta, jota hän voi harjoittaa. Käyttäjä, joka työskentelee käyttäytymisterapeuttina eläinten kanssa, auttaa usein kouluttamaan eläimiä, yleensä kotieläimiä tai eläimiä viihteeksi, käyttäytymään tietyillä tavoilla. On myös tehtäviä eläinterapeutille, joka auttaa eläimiä fysioterapiassa ja auttaa usein eläimiä samalla tavalla kuin fysioterapeutti auttaa ihmisiä. Jotkut terapeutit, jotka keskittyvät työskentelemään ihmisten kanssa, voivat käyttää eläinavusteista hoitoa käyttämällä eläimiä auttamaan ihmisiä voittamaan erilaiset vaikeudet tai olosuhteet.
Eläinterapeutti on tyypillisesti joku, joka työskentelee ammattimaisesti eläinten kanssa jollakin terapeuttisella ominaisuudella, vaikka tämän työn tarkka luonne voi vaihdella melko paljon. Eläinten käyttäytymisterapeutit työskentelevät usein erilaisten eläinten kanssa ymmärtääkseen, miksi se käyttäytyy tietyllä tavalla, ja auttavat sitten muuttamaan tai korjaamaan negatiivista käyttäytymistä. Tämä työ sisältää usein terapeutin havainnointia ymmärtääkseen kuinka eläin käyttäytyy ja tulkita tätä toimintaa perustuen eläinten käyttäytymisen ennakkotietoon. Eläinterapeutti, joka työskentelee käyttäytymisongelmien kanssa, yleensä auttaa omistajaa kouluttamaan eläimen toimimaan sopivammalla tai hyväksyttävämmällä tavalla.
On myös joitain fysioterapian muotoja, jotka eläinterapeutti voi tehdä. Tämäntyyppinen työ suoritetaan usein sen jälkeen, kun eläin on saanut vamman tai leikkauksen, aivan kuten ihmisen fysioterapeutit. Tämän tyyppinen eläinterapeutti voi sitten auttaa eläintä oppimaan jälleen kävelemään tai juoksemaan tai sopeutumaan vammoihin, jotka ovat saattaneet vaikuttaa suuresti eläimen mukavaan liikkuvuuteen. Tämäntyyppiseen työhön kuuluu usein eläinten käyttäytymisen tarkkailu ja ymmärrys siitä, miten eläin voi reagoida sen fyysisiin muutoksiin.
Jotkut ihmisten kanssa työskentelevät terapeutit voivat käyttää eläinten avustamaa hoitoa ihmisille. Tämä hoito noudattaa yleensä tiettyjä rutiineja ja hoitostrategioita eläimiä hyödyntäen. Joku, jolla on esimerkiksi vaikeuksia käsitellä masennusta, voi kokea yksinäisyyden ja eristyneisyyden tunteen vamman tai muun tilan vuoksi. Lemmikin tuominen henkilön elämään voi joissakin tapauksissa lievittää näitä tunteita. Terapeutti työskentelee yleensä eläinvalmentajan kanssa valitakseen oikean eläimen auttamaan terapiassa olevaa henkilöä.