Verkkokauppatapahtumia voidaan hoitaa useilla eri tavoilla. Jotkut vaihtoehdot ovat identtisiä tavallisten vähittäiskauppojen käyttämien vaihtoehtojen kanssa, ja jotkut ovat ainutlaatuisia verkko -ostoksille. Tapa, jolla verkkokauppias päättää hoitaa liiketoimia, on täysin hänen harkintansa mukaan, vaikka asiakkaiden tarpeilla ja mieltymyksillä on yleensä suuri merkitys siinä, mitä transaktiovaihtoehtoja tarjotaan. Suosittuja verkkokauppatapahtumavaihtoehtoja ovat luottokortit, pankkikortit, sähköiset sekit, lahjakortit, verkkomaksupalvelut ja maksusuunnitelmat. Jotkut verkkoyritykset hyväksyvät edelleen henkilökohtaiset sekit ja kassasekit, mutta nämä vaihtoehdot vähenevät, koska ne maksavat vähittäiskauppiaalle aikaa ja rahaa käsittelyyn, ja niillä on enemmän mahdollisuuksia epäonnistua kuin muilla maksuvaihtoehdoilla.
Todellisen henkilön puuttuminen verkkokauppatapahtumiin saa monet ihmiset pelkäämään tätä kaupan muotoa. Verkkokaupan alkuaikoina kauhutarinoita oli runsaasti häikäilemättömien ja usein täysin vilpillisten verkkokauppiaiden varastamista luottokorttinumeroista, identiteettivarkauksista ja varkaudesta. Koska verkkomyynti oli niin uutta, suojausvaihtoehdot olivat rajalliset ja sokea luottamus oli usein ainoa vaihtoehto, joka tarjotaan kuluttajille, jotka haluavat ostaa verkkosivustolta.
Tämän päivän online-yritysyhteisö tarjoaa verkkokauppatapahtumia lukemattomilla sisäänrakennetuilla suojausominaisuuksilla. Pankkikorttien numerot on salattu varkauksien estämiseksi, ja henkilökohtaiset tiedot tallennetaan turvallisesti vastaavilla tekniikoilla. Huomattava osa yrityksistä tarjoaa kolmannen osapuolen turvaa vähittäiskauppasivustoille ja takaa korvaukset vähittäiskauppiaille ja kuluttajille, jos niiden järjestelmät vioittuvat.
Suurien luotto- ja maksukorttien hyväksymisen lisäksi monet Internet -kauppasivustot tarjoavat asiakkailleen myös muita maksutapahtumia. Sähköiset sekit ovat suosittuja joillakin verkkokauppasivustoilla, vaikka ne maksavat kauppiaalle lisäkäsittelykuluja niiden maksujen lisäksi, jotka hänen on maksettava luotto- ja maksukorttimyynnin käsittelystä. Sähköisessä sekissä maksamista varten myyjä luo fyysisen sekin ostajan antamien pankkitietojen perusteella ja sekki talletetaan myyjän pankkitilille tavallisen laskusekin tavoin.
Viivästyneet maksut ovat toinen vaihtoehto, jota jotkut kuluttajat pitävät parempana. Tämän vaihtoehdon avulla ostaja voi saada palvelun tai tuotteen ennen sen maksamista antamalla myyjälle pankkitilitiedot tai luotto- tai pankkikorttitilinumeron, joka laskutetaan myöhemmin tai myöhemmin, jos ehdoissa määrätään useista maksuista. Tämä menetelmä sisältää yleensä palvelumaksun, joka maksetaan myyjälle tapahtuman alussa.
Jotkut verkkokauppasivustot myyvät lahjakortteja tai lahjakortteja tai tarjoavat alennuskuponkikoodeja kuluttajille. Nämä verkkokauppiaat hyväksyvät nämä maksutavat verkkokauppatapahtumista. Nämä maksutavat käsitellään samalla tavalla kuin luotto- tai pankkikortit.