Entsyymit ovat proteiineja, jotka solut ovat luoneet käynnistämään biokemiallisia reaktioita. Ne ovat katalyyttejä tietyille kemiallisille reaktioille, jotka tuottavat tai käsittelevät ruokaa. Vaikka elintarvikkeissa esiintyvät entsyymit esiintyvät luonnossa, elintarviketeollisuus laittaa myös elintarvikkeiden entsyymit tekemään sellaisia asioita, kuten leivän nousun, maun antamisen maitotuotteille ja mehujen poistamisen hedelmistä ja vihanneksista. Niiden käyttö lisääntyy useista syistä, mukaan lukien niiden suhteellisen alhaiset kustannukset ja luonnolliset juuret, jotka tekevät niistä suosittuja kuluttajien keskuudessa, jotka eivät halua joukkoa lausumattomia kemikaaleja elintarvikkeisiinsa.
Monet elintarvikkeiden entsyymit esiintyvät kaupallisissa leivonnaisissa. Amylaasientsyymiä käytetään usein leivässä käytettävän vehnäjauhon laadun parantamiseen. Vehnäjauhon gluteeni tarjoaa leivän pureskeltavan sakeuden, mutta leipurit lisäävät joskus amylaasia gluteenin poistamiseksi tai vähentämiseksi tuottaakseen raikkaita tuotteita, kuten evästeitä ja keksejä. Amylaasi myös muuntaa tärkkelyksen ruoko- tai juurikassokeriksi käytettäväksi makeutusaineena elintarvikkeissa.
Mitä tulee maitotuotteisiin, elintarvike -entsyymit, kuten lipaasi, ovat erityisen hyödyllisiä kermaisten koostumusten ja voimausten tuottamiseksi juustossa. Peptidaasien ja proteaasien yhdistelmä voi tehdä mausta rikkaamman sekä kovassa että pehmeässä kypsässä juustossa. Proteaasi lisää myös juuston emulgoitumista ja veden imeytymistä. Maito ja maitoproteiinit käyttävät myös entsyymejä tuotannossaan; trypsiini ja kymotrypsiini hydrolysoivat maidon ja vähentävät maitoproteiinien katkeruutta. Tämä parantaa maitotuotteiden makua ja ravintoarvoa.
Hedelmämehujen ja viinin valmistaminen ei olisi läheskään niin helppoa ilman entsyymejä, kuten pektinaasia. Tällä kasvientsyymillä on useita käyttötarkoituksia, mukaan lukien appelsiinien helpompi kuorinta ja mehujen poistaminen. Sellulaasia ja beeta-glukosidaasia käytetään hedelmien ja vihannesten, kuten mangojen ja porkkanoiden, maseroinnissa, ja ne voivat parantaa kokonaistuottoa myöhemmässä panimossa. Myöhemmin, kun hedelmät haudutetaan mehuiksi ja viineiksi, entsyymejä, kuten glukanaasia ja ksylanaasia, lisätään maun poistamiseksi kasvitieteellisistä aineista. Pektiini parantaa myös valkoviinien makua ja auttaa puristamaan mehua rypäleistä.
Elintarvikkeiden entsyymejä – kuten proteaasia, happoproteaasia ja hiilihydraasia – käytetään usein proteiinien käsittelyssä, olipa niitä sitten lihassa, munissa, jyvissä, kuten vehnäjauhoissa, soijassa, herneissä, hiivassa tai maississa. Ruoan sisältämien entsyymien sanotaan parantavan kasvien uuttotuottoja 5-20 prosenttia. Entsyymit auttavat kasvituotteita ruoansulatuskanavan tukena. Lihat ovat myös maukkaampia entsyymeillä, jotka parantavat makua, liukoisuutta ruokaan ja sulavuutta. Glukoosioksidaasi ja proteinaasi parantavat myös munien ulkonäköä estämällä niiden ruskistumisen ja helpottavat niiden kypsentämistä antamalla niiden vaahtoutua helpommin lyötyinä.