Floridan kansallispuistoissa on runsaasti villieläimiä. Erityisesti Everglades -eläimillä on laaja valikoima Floridan villieläimiä. Alueen tavaramerkkisymbolista, Floridan pantterista, maalari John James Audubonin tunnetuksi tekemiin alueella eläviin muuttaviin ja kahlaaviin lintuihin, Evergladesissa asuu hyvin monipuolinen ekosysteemi.
Kun Evergladesissa oli tarpeeksi lintuja täyttämään taivas. Liiallisen metsästyksen ja elinympäristön menetyksen vuoksi nykyään on jäljellä vain 350 lintulajia. Näistä lajeista merkittävimpiä lajikkeita ovat kalju kotka, harmaahaikara, valkoinen ibis, puuhaikara, suuri jalohaikara, suuri harmaahaikara, kiiltävä ibis, kolmivärinen harmaahaikara, tikka, ruusunpunainen lusikka, kalkkunakoira ja luminen jalohaikara. Everglades -eläimet ovat myös kaksi lintua, joiden populaatio vähenee nopeasti.
Maanisäkkäistä, jotka tekevät Evergladesista kotinsa, monia löytyy useimmista Yhdysvalloista. Bobcat, pesukarhu, opossum, valkohäntäpeura, puurot ja skunk ovat kaikki Everglades-eläimiä. Floridan pantterilla, Evergladesin uhanalaisimmalla lajilla, on hyvin pieni populaatio. Vain 100 on jäljellä luonnossa.
Alueelta löytyy myös muita suuria Everglades -nisäkkäitä. Länsi -Intian manaattia löytyy Evergladesin rannikkoalueilta sekä suolaisen veden lahdilta. Alueella asuu myös pullotettuja delfiinejä. Pienemmät nisäkkäät, kuten mustakarhu, harmaa kettu ja kalasääski, ovat kaikki Everglades -eläinlajeja.
Jotkut erittäin suuret, jopa pelottavan näköiset olennot ovat kotoisin Evergladesista. Villisiat voivat kasvaa valtavan kokoisiksi ja niissä on suuria pelottavia torahampaita. Jättiläiset raput, maapallon suurimmat niveljalkaiset, voivat olla yhtä suuria kuin roskakorit.
Everglades -eläinten tunnetuin matelija on amerikkalainen alligaattori. Alligaattoreita pidetään tärkeänä osana ekosysteemiä, koska niiden rakentamat reiät auttavat tarjoamaan vettä ja ravintoa muille eläimille kuivuuden sattuessa. Myös alligaattorin sukulaiset, amerikkalaiset krokotiilit, asuvat Evergladesissa. Muita alueen matelijoita ovat timanttihelmikäärme, korallikäärme, vihreä käärme, kilpikonna, punainen rottikäärme, vihreä merikilpikonna, kuningaskäärme ja vesimokasiini.
Monet ihmiset tulevat kansallispuistoon virkistyskalastukseen. Täplikät ovat yleisiä suolla, samoin kuin lyhyet nenäsammat. Muita Evergladesin kalalajeja ovat Atlantin sampi, bluenose shiner, key blenny, harlequin darter, suola -marsh topminnow, suwannee -basso ja parvi -basso.
Vaikka Evergladesilla asuu monia suuria eläimiä, suot ovat myös hyvin pienien villieläinten muotoja. Ekosysteemissä elää erilaisia etanoita, erityisesti omenatana ja puukana. Sudenkorennot, manaatipuu sammakot ja vihreät puusammakot tekevät myös kotinsa kansallispuistossa.