Monia gluteenittomia muffinsseja on olemassa niille, jotka rakastavat muffinsseja, mutta joilla on gluteeniallergia, keliakia tai gluteeni-intoleranssi. Gluteeni on proteiini, jota esiintyy joissakin jyvissä ja satunnaisesti leivonnaisten ainesosissa, joten gluteenittomia muffinsseja valmistetaan muutoksilla korvaamaan ainesosat tällä proteiinilla. Nämä muffinit voivat olla makeita tai suolaisia, ja niissä on monia erilaisia ainesosia ja makuja. Monet vaihtoehdot ovat valmiiksi pakattuja astioita, tuoreita leipomoista tai reseptejä kotona.
Makeita gluteenittomia muffinsseja ovat suklaa- tai hedelmäiset. Suosittuja esimerkkejä ovat gluteenittomat suklaamuffinit tai gluteenittomat mustikkamuffinit. Monet näistä vaihtoehdoista löytyvät valmiiksi sekoitettuna joidenkin ruokakauppojen erikoisosastoista. On olemassa myös muita lajikkeita, jotka tutkivat erilaisia hedelmäyhdistelmiä.
Gluteenittomia suolaisia muffinsseja ei löydy niin usein valmiiksi pakatuista astioista. Kun tietoisuus gluteeni -intoleranssista ja allergioista kasvaa, tämä voi kuitenkin muuttua. Esimerkkejä suolaisista muffineista ovat kurpitsan miso tai porkkana- ja sipulimuffinit. Suolaiset muffinit voivat sisältää myös juustoa tai tarjoilla sen kanssa.
Kulttuurisesti muffinssien Yhdysvalloissa ajatellaan usein olevan suuria cupcake -muotoja. Yksi muunnelma tähän muotoon on gluteeniton englantilainen muffinssi. Englantilaiset muffinit ovat litteitä ja voivat olla suolaisia tai makeita ainesosista ja levityksestä riippuen. Gluteenittomia englantilaisia muffinsseja voi ostaa valmiiksi pakattuna tai ne voidaan valmistaa kotona reseptin mukaan.
Jotkut leipomot tarjoavat nyt gluteenittomia muffinsseja niille, joilla on vähän aikaa tai vastenmielisyyttä ruoanlaittoon. Gluteenittomat leipomot tarjoavat erilaisia reseptejä makeista ja suolaisista lajikkeista. Nämä leipomot toimivat sekä tiili- että laastilaitoksissa ja verkossa niille, joilla ei ole gluteenittomia tiloja.
Gluteenittomat reseptit yleensä korvaavat perinteisen vehnäjauhon. Jauhojen korvikkeita voi ostaa valmiina pakkauksina. Toinen vaihtoehto gluteenittomien muffinsien valmistamiseksi on vehnäjauhojen korvaaminen toisilla jauhoilla, jotka eivät sisällä gluteenia. Esimerkkejä näistä jauhovaihtoehdoista ovat kookosjauho, mantelijauho ja ruskea riisijauho, vaikka ne lisäävät erilaisia makuja ja ne on usein yhdistettävä jonkinlaiseen sideaineeseen, kuten ksantaanikumi.
Ruokasooda ja leivinjauhe sisältävät toisinaan gluteenia, joten erityisiä varotoimia on noudatettava käytettäessä näitä ainesosia gluteenittomien muffinsien valmistuksessa. Jotkut leivonnaiset ja jauheet osoittavat nyt, ovatko ne gluteenittomia vai eivät, kun taas joillakin ei ole merkintää. Nopea tutkimus voi yleensä auttaa löytämään parhaan vaihtoehdon gluteenittomalle ruokasoodalle ja jauheelle ennen ruoanlaittoa.