Japanilaiset jälkiruoat voivat olla perinteisiä asioita, joissa käytetään paikallisia hedelmiä, kasveja ja pähkinöitä, ulkomaista tuontia tai ainutlaatuista yhdistelmää näistä kahdesta. Japanilaisia jälkiruokia, jotka tunnetaan nimellä meibutsu, on myös monia alueellisia muunnelmia ja myös matkamuisto (omiyage) -versioita matkailijoille. Perinteiset japanilaiset jälkiruoat käyttävät ainesosia, kuten makeita azuki -papuja, hedelmiä, pähkinöitä ja mochia.
Mochi on tahmea, tahmea riisikakku, joka muodostaa japanilaisten makeisten keskeisen elementin. Sitä tarjoillaan usein käärittyinä makeisiin, kuten azuki -tahnaan (daifuku), ankoon ja mansikkapastaan. Jotkut jälkiruoat maustavat mochia makuilla, kuten kirsikankukka (sakura), persikka ja vihreä tee. Mochit ovat suosituimpia uudenvuodenpäivänä.
Wagashi on mochi-pohjainen jälkiruoka. Wagashi -tyyppiä ei ole olemassa, mutta sen sijaan on kymmeniä muunnelmia. Ne valmistetaan hedelmistä, pähkinöistä, azukista ja mochista. Vihreää teetä tarjoillaan usein makeiden jälkiruokien lisänä.
Mochista valmistetaan myös japanilaisia jälkiruokia nimeltä dango. Dango ovat mochi -palloja, jotka asetetaan vartaaseen ja kastetaan makuun. Perinteinen festivaalitanssi kastetaan soijakastikkeeseen, nimeltään shouyu, ja sitä kutsutaan mitarashi dangoksi. Toinen dango-tyyppi on bocchan dango, jossa on yksi normaali dango-pallo, yksi vihreän teen makuinen pallo ja yksi azuki-makuinen pallo.
Mochit voidaan valmistaa eri tavalla hyytelösarjan tuottamiseksi. On myös muita hyytelöitä, joita kutsutaan myös agar -hyytelöiksi, joita käytetään jälkiruokissa, kuten anmitsu ja mitsumame. Nämä hyytelökuutiot yhdistetään ainesosien kanssa, kuten azuki tai anko, hedelmäviipaleet ja mitsusiirappi.
Monet japanilaiset jälkiruoat ovat käänne ulkomaiseen tuontiin. Esimerkiksi castella on kakku, joka on saanut nimensä Espanjan Kastilia-alueelta, mutta on itse asiassa japanilainen versio Pao-de-lo-nimisestä portugalilaisesta kakusta. Castella on sokerikakku, jota usein syödään itse tai jonka päälle on lisätty ruskeaa sokeria, vihreää teetä tai maustettua tomusokeria/kuorrutetta.
Jäätelö on suosittu jälkiruoka myös Japanissa. Yksi kuppi vaniljaa ja toinen vihreän teen jäätelöä tarjoillaan usein azuki -papujen ja mochin rinnalla. Saatavilla on myös valikoima mochi-käärittyjä jäätelöitä, joissa on joko tavallinen mochi-kääre vaniljan, suklaan tai vihreän teen jäätelön ympärille tai maustettu mochi tavallisen jäätelön ympärille.
Monet japanilaiset ulkomaiset jälkiruoat ovat käyneet läpi vihreän teen prosessin. Tämä tarkoittaa yhden ainesosan korvaamista vihreällä teellä. Esimerkiksi vihreän teen makuisia suklaapatukoita on monia. Tarjolla on myös vihreän teen castellakakkuja ja muita sieniä, vihreän teen jäätelöä, juustokakkuja ja tiramisua. Samanlaisia versioita on tehty myös kirsikankukalla.
Japanissa on myös useita makeita leipiä, joita voidaan tarjoilla jälkiruokana. Melonpan näyttää melonilta, mutta on valmistettu normaalista leivän taikinasta, joka on kääritty evästeen taikinaan ennen paistamista. Ne voidaan tarjoilla tavallisina, suklaalastuja sisällä, vaniljakastiketta tai maustettuna ainesosilla, kuten vihreää teetä ja karamellia. Anpan on makea leipä, joka on täynnä azuki -papuja.