Kansalaisjärjestö voidaan rakentaa erilaisten suunnitelmien tai suunnitelmien mukaan, jotka määrittävät sen toiminnan. Nämä järjestelmät päättävät, ketä organisaatio palvelee, mitkä ovat sen ydinpalvelut, missä se toimii ja miten se toteuttaa ohjelmiaan. Jos kansalaisjärjestö olisi voittoa tavoitteleva yhteisö, tällainen päätöksenteko johtaisi liiketoimintasuunnitelmaan. Voittoa tavoittelemattomana kansalaisjärjestö käyttää näitä päätöksiä strategisen suunnitelmansa perustana ja perusteluna olemassaololleen hyväntekeväisyysyhteisönä.
Yksi kansalaisjärjestöjen tärkeimmistä eroista määrittää, ketä organisaatio palvelee. Järjestö voi toimia jäsenjärjestönä ja palvella vain niitä ihmisiä, jotka liittyvät siihen. Tämän tyyppinen organisaatio suunnittelee ohjelmia edistääkseen jäsenyytensä etuja ja toimii jäsenäänestyksellä. Vaihtoehtoisesti kansalaisjärjestö voi palvella suurta yleisöä. Tässä tapauksessa organisaatio toimii julkisena luottamuslautakuntana, jota valvoo hallitus, jolla on luottamusvelvollisuus tehdä päätöksiä voittoa tavoittelemattoman yhdistyksen tehtävän edistämiseksi.
Toinen ero kansalaisjärjestöjen järjestelmissä koskee sen ydinpalveluja. Kun voittoa tavoittelematon järjestetään, se ilmoittaa tehtävän, joka määrittää toiminnan tyypit, joihin organisaatiolla on yleensä lupa osallistua jatkossa. Kansalaisjärjestöt luokitellaan tämän toiminta -ajatuksen perusteella. Erilaisia ydinpalvelujärjestelmiä ovat ihmispalvelut, ympäristöasiat ja taloudellinen kehitys.
Kansalaisjärjestö suunnittelee myös toimintatapojaan kehittämällä järjestelmän palvelujensa laajuuden huomioon ottamiseksi. Tähän luokkaan kuuluvat erilaiset kansalaisjärjestöjärjestelmät sisältävät paikallisen tai yhteisöpohjaisen, kansallisen tai kansainvälisen soveltamisalan. Paikallisiin ja kansallisiin järjestelmiin vaikuttaa entisestään valinta, mihin yhteisö sisällytetään, mikä valvoo tapaa, jolla organisaatio harjoittaa muuta liiketoimintaansa. Kansainvälisen valinnan piiriin kuuluu päätös sisällyttää toimintaan tai sisällyttää johonkin maahan, mutta tarjota vain palveluja toisessa maassa. Joskus kansainväliset valtiosta riippumattomat järjestöt tekevät jälkimmäisen varmistaakseen riittävän kotipaikan varainhankinnalle suorittaessaan tehtävää vieraassa maassa.
Kansalaisjärjestöjen perusohjelmien viimeinen osa sisältää päätöksen ohjelman filosofiasta. Voittoa tavoittelemattomien järjestöjen on päätettävä muutosteoriasta tai siitä, miten niiden erityinen palveluyhdistelmä vaikuttaa. On monia erilaisia teorioita, jotka voivat ohjata kansalaisjärjestön tehtävää. Yksi suosituimmista on muutoskehitys, jossa voittoa tavoittelemattomat järjestöt antavat yhteisön johtajille tietoa ja resursseja hallita muutosta itse. Toinen on talousyhteisön kehittäminen, jossa ohjelman resurssit suunnataan keskeisiin taloudellisiin indikaattoreihin sosiaalisen kehityksen edistämiseksi.