Kivipuutarhoissa parhaiten kasvavat kasvit ovat kompakteja, kasautuvia ja hitaasti kasvavia. Kalliopuutarhan kasvit viihtyvät hyvin valutetussa maaperässä, kestävät kuivuutta ja sietävät täyttä aurinkoa osittain varjoon. Koska kivipuutarhat jäljittelevät vuoristoista, kallioista maaperää, vuoristoalueilla luonnollisesti esiintyvät kasvit menestyvät hyvin kivipuutarhoissa. Joitakin esimerkkejä ovat mehikasvit, sedum, karitsan korvat ja kolumbiini.
Ennen kivipuutarhan istuttamista on parasta suunnitella huolellisesti sijainti ja olosuhteet. Alkuperäisten puiden ja pensaiden jalusta voi toimia korkeana selkäpudotuksena kivikkopuutarhaan ja estää sitä näyttämästä keinotekoiselta. Kasvit arvostavat suojaa tuulelta, mutta tarvitsevat silti auringonvaloa. Istutusta kypsien puiden tiheiden lehtien alle voidaan parhaiten välttää.
Kivipuutarhakasvien tulisi olla alle 30 cm korkeita ja kestäviä -20º Fahrenheit -asteeseen (-29 Celsius). Hardy geranium, edelweiss ja hiipivä floksi ovat kaikki aurinkoa rakastavia kivikkopuutarhakasveja, jotka tarjoavat mielenkiintoisia lehtiä ja kukkia eri vuodenaikoina. Timjami on yrtti, jota voidaan kasvattaa halkeamissa ja rakoissa kivipuutarhoissa, vierailla, aurinkoisilla alueilla, joilla muut kasvit eivät kasva. Monet timjamilajikkeet sietävät myös kevyttä jalkaliikennettä. Oregano on toinen yrtti, joka on hieman korkeampi kuin timjami ja kasvaa hyvin kivisissä, aurinkoisissa, rivitaloissa.
Muita vaihtoehtoja ovat hosta, jossa on suuret, leveät lehdet, ja saniainen, jossa on viileitä lehtiä; molemmat voivat lisätä mukavaa tekstuuria varjoisille alueille. Aurinkoisemmilla alueilla sedum ja kanat ja poikaset ovat kaksi matalakasvuista kivipuutarhakasveja, jotka lisäävät myös mielenkiintoista koostumusta. Mehikasvit ovat houkuttelevimpia, kun ne yhdistetään korkeampiin kasvilajikkeisiin, kuten ruohomaisiin säästötuotteisiin.
Kasviryhmät, joilla on eri korkeuksia, voivat lisätä visuaalista kiinnostusta kivikkopuutarhaan. Sekoitus matalista, kumpuilevista kasveista ja pystysuorista kasoista, jotka on istutettu matalan pensaan taustalle, voi luoda luonnollisen näköisen kivikkopuutarhan. Yksittäisiä näytteitä tulee käyttää säästeliäästi. Luonnossa kasveja esiintyy tyypillisesti ryhmissä, joissa on vierekkäiset ryhmät, jotka tarjoavat kontrastisia tekstuureja ja värejä.
Kalliopuutarhojen suosio kasvoi alun perin 20 -luvun alussa alppikasveista. Ennen tätä aikaa alppikasvit olivat tuntemattomia tai niitä ei ollut saatavilla suuressa osassa maailmaa. Niiden saatavuus innoitti monia puutarhureita yrittämään kasvattaa eksoottisia uusia yksilöitä. Yksinkertaistettu versio näistä 20 -luvun kokeellisista kalliopuutarhoista on edelleen suosittu, koska puutarhojen luonnollinen muoto lisää kiinnostavuutta nykyaikaisiin puutarhoihin. Kalliopuutarhat tarjoavat myös kiehtovia vaihtoehtoja puutarhojen kaltevien ja rivitalojen käsittelyyn.