Verkkokokousohjelmia on kymmeniä, mutta jokaisella on omat etunsa ja haittansa. Jotkut ohjelmat esimerkiksi sallivat selaamisen, edistyneen äänituen ja tiedostojen siirron tietokoneelta toiselle. Jotain tärkeämpää kuin toiminnalliset ominaisuudet on kuitenkin käyttöjärjestelmän yhteensopivuus. On web -kokous ohjelmistoja
Microsoft®, Linux® ja Mac OS®, joista osa ei ole yhteensopivia. Lopuksi nämä ohjelmat voivat olla joko ilmaisia tai maksettuja kertaluonteisilla tai kuukausimaksuilla, ja ohjelmaa kerralla käyttävien ihmisten määrä on rajoitettu.
Jotkin verkkokokousohjelmistotyypit ovat enemmän ominaisuuksia vaativia kuin toiset. Esimerkiksi selaaminen on suosittu ominaisuus, jonka avulla tietokoneen pääkäyttäjä voi napsauttaa verkkosivuston linkkiä, ja kaikki konferenssiin osallistujat näkevät tulokset. Jotkin ohjelmat sallivat myös tiedostojen siirron ilman, että sinun on siirryttävä välilehdelle verkkokokouksesta, koska käyttöliittymä on rakennettu lähettämään tiedostoja nopeasti. Yksi kasvava kysyntä on älypuhelimien yhteensopivuus, jonka avulla henkilö voi osallistua videokokoukseen matkapuhelimen kautta.
Kaikki verkkokokousohjelmistot eivät ole yhteensopivia kaikkien tietokoneen käyttöjärjestelmien kanssa. Jos kokouksen järjestäjä valitsee vain Microsoft®-ohjelman, kaikki Mac OS®- ja Linux®-käyttäjät suljetaan pois kokouksesta järjestelmän yhteensopimattomuuden vuoksi. Monet online -kokousohjelmistot ovat kuitenkin yhteensopivia suosituimpien tietokoneiden käyttöjärjestelmien kanssa, kuten Adobe Acrobat Connect®, Microsoft Live Meeting® ja IBM Lotus Sametime Unyte®.
Vaikka jotkut verkkokokousten ohjelmistot ovat saatavilla ilmaiseksi, monet yritykset haluavat veloittaa palvelusta. Joskus maksut on rakennettu siten, että pienet yritykset, joilla on vähän työntekijöitä, maksavat paljon vähemmän kuin yritykset, jotka haluavat järjestää konferenssin satojen ihmisten kanssa. Esimerkiksi rajoittamaton neuvottelu 15 henkilön kanssa voi olla kolmannes kustannuksista 100 henkilön kanssa. Nämä maksut eivät ole aina heti saatavilla, ja mukautetun tarjouksen voi saada soittamalla tai lähettämällä sähköpostia yritykselle.
Halvan verkkokokousohjelmiston löytäminen, joka pystyy käsittelemään kaikkia käyttöjärjestelmiä ja jolla on kaikki halutut ominaisuudet, voi olla pelottava tehtävä. Yleensä erittäin kiillotettu ohjelmisto, jolla on hyvät ominaisuudet ja suuri kapasiteetti, ei maksa pieniä kustannuksia. Matkan väheneminen saattaa kompensoida tämän hinnan, koska yrityksen ei enää tarvitse lähettää työntekijöitä satojen kilometrien päähän ja korvata heille lentolippuja, ruokaa ja majoitusta.