Erilaisia kumppanimarkkinointiohjelmistoja ovat erillinen, isännöity, ostoskori ja verkko. Käytettävän ohjelmistotyypin määrittäminen riippuu yrityksen pitkän aikavälin tavoitteista, ensisijaisista toiminnoista ja budjetista. Jokaisella kumppanimarkkinointiohjelmistotyypillä on omat ominaisuutensa, kykynsä ja mukautusmahdollisuutensa. Yleensä yritykset, jotka haluavat hallita ohjelmistojen räätälöintiä ja toimivuutta, toimivat parhaiten erillisellä tyypillä, kun taas pienet yritykset, joilla ei ole IT-osastoa, saattavat olla tyytyväisempiä isännöityihin tai ostoskoripohjaisiin ohjelmistoihin.
Erillinen kumppanimarkkinointiohjelmisto on asennettu yrityksen palvelimelle, ja se on yrityksen itse isännöimä. Tämän tyyppisten ohjelmistojen käytön etuja ovat räätälöinnin lisäämismahdollisuudet, seisokkien hallinta ja uusien ominaisuuksien lisäämisen joustavuus. Riippuen siitä, onko ohjelmisto avoin vai suljettu, yritys voi myös pystyä luomaan omia ominaisuuksiaan, lisäämään lisätoimintoja ja luomaan yksityiskohtaisempia raportteja. Haittoja ovat toisinaan korkeat kustannukset etukäteen ja maksu tulevista päivityksistä tai asiakastuesta.
Isännöity kumppanimarkkinointiohjelmisto on eräänlainen ohjelmisto, jota isännöidään kolmannen osapuolen palvelimella. Uudet aloittavat yritykset ja pienyritykset ovat tämän tyyppisten kumppanimarkkinointiohjelmistojen suurimpia edunsaajia, koska ne ovat nopeasti käyttöön otettavia, niillä on alhaiset kuukausimaksut eikä niitä tarvitse päivittää tulevaisuudessa. Koska tämäntyyppiset ohjelmistot vaativat yleensä kuukausimaksun, ne voivat ajan mittaan kuitenkin tulla kalliimpia kuin erillisten markkinointiohjelmistojen ostaminen. Tämän ohjelmiston haittoja ovat muun muassa se, että se ei voi tehdä edistyneitä mukautuksia, ei pysty hallitsemaan seisokkeja ja joutuu odottamaan kolmannen osapuolen IT-osastoa korjaamaan ongelmat.
Ostoskorin kumppanimarkkinointiohjelmisto on yleensä yhdistetty verkkokaupan ostoskoriohjelmaan. Tämä mahdollistaa virtaviivaisen toiminnallisuuden ja pienemmät mahdollisuudet kumppanuusmaksujen laskentavirheisiin. Vaikka se on kätevä ja yleensä kustannustehokas, se ei välttämättä ole täynnä erillisten ohjelmistojen rikkaita ominaisuuksia ja toimintoja. Yritysten on myös odotettava, kunnes ostoskorin ohjelmisto antaa päivityksiä saadakseen lisää ominaisuuksia tai korjatakseen virheitä.
Verkkokumppanuusmarkkinointiohjelmistot ovat saaneet suosiota, koska yritysten ei tarvitse käyttää aikaa ominaisuuksien lisäämiseen, päivittämiseen tai kommunikointiin suoraan tytäryhtiöiden kanssa. Tämäntyyppinen isännöity kumppaniohjelmisto tarjoaa jäsenilleen tietokannan kumppaniohjelmista, joista he voivat valita kaikki tulonsa yhdessä paikassa. Yrityksen on toimitettava kumppaniverkostolle markkinointibannerit, palkintotiedot ja ehdot. Vaikka tämäntyyppinen kumppanimarkkinointiohjelmisto on kätevä yrityksille, heillä on yleensä vähiten mahdollisuus hallita kampanjoiden hallintaa ja viestintää tytäryhtiöiden kanssa tämän tyyppisten ohjelmistojen kautta.