Mikroskooppeja käytetään sekä luokkahuoneissa että tärkeiden arviointien tekemisessä lääketieteellisissä laboratorioissa ja muissa mikrotekniikoissa. Eri tyypit on suunniteltu näihin eri käyttötarkoituksiin, ja siksi ne vaihtelevat resoluution, suurennuksen, terävyysalueen, näkökentän, valaistusmenetelmän, automaatioasteen ja tuottaman kuvan tyypin mukaan. Pohjimmiltaan on kolme mikroskooppiluokkaa: elektroni, konfokaali ja yhdiste.
Elektronimikroskoopit ovat erittäin kehittyneitä suurennuslaitteita. Niitä käytetään arkeologiassa, lääketieteessä ja geologiassa etsimään esineiden pintoja ja kerroksia, kuten elimiä ja kiviä. Valon käyttämisen sijaan nämä laitteet osoittavat elektronivirtaa näytteeseen ja siihen kiinnitetyt tietokoneet analysoivat, miten materiaali hajottaa elektronit. Näyte on ripustettava tyhjiökammioon.
Lähetyselektronimikroskoopilla tiedemies saa kuvan kohteen 2-D-viipaleista eri syvyyksissä. Tietenkin niin tehokkailla välineillä sekä suurennusaste että resoluutio tai kuvan terävyys ovat erittäin korkeat. Skannaavat elektronimikroskoopit eroavat hieman toisistaan, koska ne skannaavat kullatun näytteen ja antavat kolmiulotteisen kuvan kohteen pinnasta. Tämä näkymä on mustavalkoinen, mutta antaa kuitenkin hämmästyttävän kuvan esimerkiksi dinosaurusluun minuutin kukkuloista ja laaksoista.
Konfokaalinen mikroskooppi on askel alaspäin edellisistä tyypeistä. Se valaisee näytteen lasersäteellä, jonka kuvaa parannetaan digitaalisesti tietokoneen näytöllä katseltavaksi. Näyte on usein värjätty kirkkaalla värillä, joten laser antaa kontrastisemman kuvan. Se on asennettu lasilevylle aivan kuten lukion biologiassa. Näitä laitteita ohjataan automaattisesti, ja moottoroidut peilit auttavat automaattitarkennuksessa.
Yksinkertaisimmat tyypit löytyvät luokkahuoneista ympäri maailmaa: yhdistelmämikroskoopit. Näitä käytetään kokonaan käsin, ja näytteen valaisemiseen käytetään tavallista auringonvaloa tai hehkulamppua. Mitä tahansa käyttäjä haluaa katsoa, se asennetaan kahden lasilevyn väliin ja leikataan päälinssin alle, ja hän tarkentaa kuvan valitsimella. Nämä työkalut käyttävät yksinkertaista suurennuslasien ja peilien sarjaa tuodakseen kuvan okulaariin, aivan kuten kaukoputki.
Yhdistelmämikroskooppeja käytetään enimmäkseen biologiassa. Ne antavat 2-D-siivun esineestä, mutta voivat kuitenkin saavuttaa riittävän suuren suurennoksen nähdäkseen eukaryoottisolujen osia, hiuslankaa tai lammen saastetta. Valitettavasti niiden tarkkuus ei ole erinomainen, joten kuva voi olla epäselvä. Stereoskooppiset mikroskoopit, kuten nimestä voi päätellä, antavat kolmiulotteisen kuvan puolittuneista kohteista, kuten lihaskudoksesta tai elimestä. Tässä tapauksessa suurennus on heikko, joten katsoja ei voi erottaa erillisiä soluja, mutta tarkkuus on paljon parempi.