On monia erilaisia munattomia muffinsseja, jotka yleensä leivotaan niille, jotka ovat allergisia munille, ovat tietoisia painostaan tai vegaaneille. Jotkut vaihtoehdot ovat hedelmiä ja vihanneksia, kuten banaani-, porkkana-, kurpitsa- ja marjamuffinsseja, koska reseptiin sisältyvillä hedelmillä ja vihanneksilla on omat mehunsa, jotka tekevät muffinit pehmeiksi myös ilman munia. Munaton suklaamuffinssi on toinen vaihtoehto, ja terveellisempille autiomaiden syöjille täysjyvä, kauralese ja maissimuffinsit ovat mahdollisia.
Banaanimuffinit ovat sellaisia munattomia muffinsseja, jotka voidaan helposti valmistaa ilman munia tai munankorvikkeita. Muffinssien koostumus on yleensä edelleen pehmeä, vaikkakin kimmoisampi verrattuna munia sisältävien banaanimuffinien raskaampaan tekstuuriin. Pehmeämmän koostumuksen saamiseksi voit käyttää reseptiin ylikypsiä banaaneja ja muscovado -sokeria. Porkkanamuffinien munaton versio voi myös helposti pärjätä ilman reseptiä, vaikka jotkut kekseliäiset leipurit käyttävät pari ylikypsää banaania munan korvikkeina. Ruskean sokerin käyttäminen reseptissä auttaa myös tuottamaan kosteita porkkanamuffinsseja.
Jotkut munittomat muffinit, toisaalta, tarvitsevat reseptissä munankorvikkeita, kuten kurpitsamuffinsseja. Jotkut reseptit käyttävät silkkistä tofua, pehmeintä tofutyyppiä, kun taas toisissa resepteissä ehdotetaan jogurtin käyttöä, olipa se sitten maitoa tai soijaa. Useat reseptit sisältävät myös munankorvikkeiksi kutsuttuja tuotteita, joita on kaupallisesti saatavilla supermarketeissa ja terveyskaupoissa. Marjamuffinit, kuten mustikka-, karpalo- ja mansikkamuffinit, voivat myös käyttää edellä mainittuja munankorvikkeita, mutta joissakin resepteissä käytetään yksinkertaisesti omenaviinietikkaa korvaamaan munat. Tästä seuraa kuitenkin kevyempi muffinssi, joka voidaan tasapainottaa lisäämällä pellavansiemenjauhetta raskaamman koostumuksen luomiseksi ja lisäämällä kuitua.
Suklaamuffinsit sopivat hyvin vegaaneille ja munille allergisille, jotka haluavat silti nauttia makeasta. Munien puuttumisen korvaamiseksi leipurit voivat käyttää etikkaa, tummanruskeaa sokeria ja oliivi- tai rypsiöljyä, koska ne ovat tiheämpiä kuin muut ruokaöljyt. Kirnupiimää voidaan lisätä myös rikkaampiin, kosteampiin muffineihin. Viljapohjaisilla muffineilla on yleensä raskas sakeus kuitumaisten ainesosien vuoksi, joten munaa käytetään taikinan vähentämiseksi. Omenaviinietikkaa, omenakastiketta tai kaupallista munankorviketta voidaan käyttää tällaisten munattomien muffinsien korvikkeina.