Perifeerisessä ja keskushermostossa on useita erityyppisiä peptidien välittäjäaineita, mukaan lukien opioidit, somatostatiinit ja sekretiinit. Muita peptidien välittäjäaineiden ryhmiä ovat neurohypophyseals, gastriinit ja insuliini. Peptidivälittäjäaineissa, jotka erottuvat muista välittäjäaineista aminohappojen läsnä ollessa, voi olla niinkin vähän kuin kaksi aminohappoa tai jopa 100 aminohappoa, jotka on kytketty lyhyisiin ketjuihin; useimmissa on alle 30 aminohappoa. Joitakin peptidien välittäjäaineita pidetään myös hormoneina.
Peptidien välittäjäaineita, joita usein kutsutaan neuropeptideiksi, ovat aktiivisimpia maha -suolikanavan alueella. Kuten muutkin välittäjäaineet, neuropeptidit vapautuvat rakkuloista hermosolujen päässä ja kulkevat synaptisen halkeaman läpi muihin neuroneihin. Neuropeptidien tapauksessa, jotka ovat hormoneja, nämä hormonit vapautuvat ensin rauhasesta ja sitten aallotetaan tämän rauhan sisällä olevien neuronien rakkuloihin, joissa ne usein yhdistetään kantajaproteiineihin ennen kuin ne vapautuvat rakkulosta. Fysiologian ja käyttäytymisen kontrollerit, peptidien välittäjäaineet tunnetaan vaikuttavan hitaasti mutta pitkällä aikavälillä.
Luonnollisina kipulääkkeinä opioidivälittäjäaineet osallistuvat kivun havaitsemiseen ja seksuaaliseen vetovoimaan. Ne on nimetty niin, koska ne kiinnittyvät samoihin oopiumin aktivoimiin reseptoreihin. Jaettuna kolmeen luokkaan, opioidipeptidien välittäjäaineita ovat endorfiinit, dynorfiinit ja enkefaliinit. Kivun ja vetovoiman lisäksi opioidipeptidien välittäjäaineet ovat välttämättömiä myös muistin, liikkeen ja kohtausten hallintaan. Suurin osa kehossa olevista opioidivälittäjäaineista sijaitsee aivojen alueella.
Somatostatiinit ovat aktiivisia haimassa ja vatsan alueella. Nämä peptidien välittäjäaineet tunnetaan parhaiten kyvystään tukahduttaa muita hormoneja, kuten aivolisäkkeen erittämiä ja ruoansulatuskanavaan vaikuttavia, kuten gastriini ja insuliini. Tämä vaimennus auttaa luomaan tasapainon maantieteellisellä alueella.
Secretins ovat toinen peptidien välittäjäaine, joka auttaa ruoansulatusta. Erityisesti sekretiini laukaisee sapen tuotannon maksassa. Lisäksi tämä kemiallinen sanansaattaja ohjaa, kun vatsa ja haima tuottavat pepsiiniä ja ruoansulatusmehuja.
Neurohypophyseals, jotka ovat aktiivisimpia aivoissa ja veressä, ovat peptidien välittäjäaineita, jotka säätelevät kognitiota, sosiaalista käyttäytymistä ja joitain kehon toimintoja, kuten imetys ja virtsaaminen. Ne sisältävät sellaisia kemikaaleja kuin vasopressiini ja oksitosiini. Psykiatrit luottavat oksitosiiniin suojaavan ja mukautuvan käyttäytymisen käynnistämisestä luotettavia yksilöitä kohtaan ja rohkaisemisesta uhkaavia yksilöitä kohtaan. Vasopressio auttaa munuaisia rajoittamaan kuinka paljon vettä vapautuu virtsaamisen aikana ja toimii siten diureettina.
Gastriini ja insuliini ovat kahdenlaisia neuropeptidejä, jotka toimivat rinnakkain. Gastriini voi lisätä insuliinia, kemiallista hormonia ja viestinviejää, joka säätelee verensokeriarvoja, mikä määrittää milloin insuliinin nousu tapahtuu. Neljä erilaista gastriinia säätelee myös ruoansulatuskanavassa tuotetun kloorivetyhapon määrää.