Ruoansulatusjärjestelmän entsyymejä on useita tyyppejä, joista jokainen on suunniteltu hajottamaan ruoan eri osat, joita löytyy eri kohdista ruoansulatusjärjestelmässä. Tärkeimmät entsyymiluokat ovat amylaasi, lipaasi, proteaasi ja nukleaasi. Suun, vatsan, ohutsuolen ja haiman rauhaset erittävät osan tai kaikki näistä, kun ruoka kulkee ruoansulatuskanavaa pitkin, jotta keho voi hajottaa sen ja käyttää sitä. Suurin osa ruoansulatusentsyymeistä löytyy haiman mehusta, vaikka niitä on myös syljessä ja mahalaukun ruoansulatusmehuissa.
Yksi ensimmäisistä entsyymeistä, jotka aloittivat ruoansulatusprosessin, on amylaasi. Tämäntyyppinen entsyymi on suunniteltu hajottamaan hiilihydraatit yksinkertaisiksi sokereiksi, joita keho voi käsitellä. Se erittyy ensin suuhun sylkirauhasista, missä se alkaa sulattaa elintarvikkeita, kuten hedelmiä, vihanneksia ja papuja. Haima tuottaa sitten lisää amylaasia ja lähettää ohutsuoleen, missä se edelleen auttaa hajottamaan hiilihydraatteja. Amylaasilla on useita alakategorioita, joista jokainen on suunniteltu tietyntyyppisten hiilihydraattien käsittelyyn; esimerkiksi laktaasi hajottaa maitosokerit ja sakraasi hajottaa monimutkaiset tärkkelykset ja sokerit.
Proteaasi on ruoansulatuskanavan entsyymien ryhmä, joka hajottaa lihan, pähkinöiden ja juustojen sisältämät proteiinit. Vatsa ja haima luovat proteaasia, joten proteiinien käsittely alkaa ruoansulatuskanavan syvemmälle kuin hiilihydraatit. Proteiini on hajotettava aminohapoiksi, jotka ovat kriittisiä kaikkien solujen toiminnalle. Tärkeimmät ihmiskehossa esiintyvät proteaasityypit ovat pepsiini ja peptidaasi.
Toinen ruoansulatusjärjestelmän entsyymeistä on lipaasi. Lipaasin tehtävänä on hajottaa rasvoja, kuten öljyistä, lihasta ja meijeristä löytyviä rasvoja. Osaa lipaasia syntyy suuhun ja vatsaan, mutta suurin osa siitä tulee haimasta ja tekee tehtävänsä ohutsuolessa. Täällä se toimii maksan tuottaman sapen kanssa, joka emulgoi suuret rasvamolekyylit ja tekee niistä pienempiä, jotta lipaasi voi sitten hajottaa sen edelleen glyseroliksi ja rasvahapoiksi.
Haima tuottaa myös ruuansulatusjärjestelmän entsyymien lopullisen nukleaasin. Tämä entsyymi on tehty hajottamaan nukleiinihapot, kuten DNA ja RNA. Se erottaa nukleotidien väliset sidokset, jotka sitten vapauttavat typpeä ja yksinkertaisia sokereita.