On olemassa kolme tärkeää erilaista sormenjälkijärjestelmää. Yksi on sellainen järjestelmä, jota käytetään sormenjälkien keräämiseen ja käsittelyyn. Toinen on sellainen järjestelmä, joka mahdollistaa sellaisten sormenjälkien tunnistamisen, joilla ei ole tunnettua omistajaa. Kolmas on sellainen järjestelmä, joka rajoittaa tai rajoittaa pääsyä tiettyyn paikkaan, koneeseen tai identiteettiin perustuvaan tiedonkokoelmaan. Neljäs sarja on kuitenkin lapsen versio sormenjälkitunnistussarjasta, jonka tarkoituksena on antaa alkaville tutkijoille maku oikeuslääketieteestä.
Jo pitkään sormenjälkien keräämiseen tarkoitettu sormenjälkijärjestelmä oli mustepatja. Viime aikoina on otettu käyttöön musteettomia järjestelmiä. Tämän tyyppistä järjestelmää käytetään pääasiassa työnhakijoille, lisensseille ja lupille, maahanmuutolle ja epäiltyjen varaamiselle. Järjestelmät tehdään yleensä vähintään yhden ensisijaisen sormenjälkitunnistusjärjestelmän vaatimusten mukaisesti, jotta niitä voidaan käyttää yhdessä. Lisäksi järjestelmät on yleensä suljettu kestävän muovin pakkaukseen, jossa on kahva, mikä tekee siitä helposti kannettavan.
Toisen tyyppinen sormenjälkijärjestelmä yrittää yhdistää yhden tai useamman sormenjäljen, jotka on kerätty keräyspakkauksella tai nostettu rikospaikalta tietokantaan tallennettuihin sormenjälkitunnistetiedostoihin. Koska nämä tietokannat sisältävät yksilöiden fyysisten ominaisuuksien mittauksia, niitä kutsutaan biometrisiksi tietokannoiksi.
Kaksi tärkeää tietokantaa, jotka palvelevat tätä toimintoa Yhdysvalloissa, ovat integroitu automaattinen sormenjälkitunnistusjärjestelmä (IAFIS) ja seuraavan sukupolven automaattinen biometrinen tunnistusjärjestelmä (ABIS) (NGA). IAFIS on kansallinen tietokanta, joka sisältää sormenjälkitietojen lisäksi myös rikoshistorian. Sitä ylläpitää Federal Bureau of Investigation (FBI) Criminal Justice Information Services Division (CJIS). Valtiot voivat toteuttaa oman AFIS -järjestelmänsä. Myös muissa maissa on oma järjestelmä. ABIS, joka on rakennettu toimimaan yhdessä IAFISin kanssa, on puolustusministeriön (DoD) projekti, jonka on suunnitellut, rakentanut ja ylläpitänyt Lockheed Martin Corporation.
Sormenjälkijärjestelmää voidaan käyttää turvallisuuteen monissa tilanteissa. Elektronisia sormenjälkilukijoita voidaan käyttää tietokoneiden suojaamiseen sekä pääsyyn tiloihin, tiettyihin tiloihin tai ajoneuvoon. Osittain siksi, että tällaisia järjestelmiä on käytetty väärin, muunnelmia käytetään nyt. Yksi muunnelma on se, että jokaiselle henkilölle annetaan henkilökohtainen laite, joka kuljetetaan mukana ja jolla varmistetaan omistajan henkilöllisyys. Käsigeometria, verkkokalvon ja iiriksen skannaus, puheanalyysi ja kasvojentunnistus kilpailevat sormenjälkijärjestelmien kanssa.