On monia erilaisia täytettyjä kuppikakkuja, joita henkilö voi valmistaa. Esimerkiksi cupcakes voidaan täyttää hedelmillä, tuorejuustolla tai kermajäätelöllä. On myös eksoottisempia vaihtoehtoja, kuten mantelikastikkeen täyttö. Henkilö voi täyttää kuppikakut muutamalla menetelmällä, mutta yleisimpiä ovat ontelon luominen kakkuun tai leivonnaispussin kärjen tekeminen pienen reiän tekemiseen jokaiseen kuppikakkuun. Kun reikä tai ontelo on luotu, cupcakes voidaan täyttää haluamallasi tavalla.
Täytettyjä kakkuja voi valmistaa monin eri tavoin. Yksi suosittu tapa valmistaa näitä jälkiruokia sisältää pienen osan kuppikakun sisäpuolelta kaatamisen ja reiän täyttämisen valitsemallasi täytteellä. Sitten henkilö voi leikata pienen ympyrän osasta, jonka hän otti kuppikakusta, ja asettaa sen täytteen päälle niin, että se muodostaa “kannen”. Jos kansi on oikean kokoinen, se sulkee kuppikakun reiän ja kokki voi peittää leikkausjäljet kuorrutuksella.
Toinen tapa luoda täytettyjä kakkuja vaatii leivonnaispussin ja kärjen, joka pystyy tekemään pienen reiän kakkuun. Henkilö voi täyttää leivonnaispussin valitsemallaan täytteellä ja työntää täytteen sitten cupcaken keskelle leivonnaispussin kärjen reiän läpi. Tämä menetelmä jättää vain pienen reiän cupcaken päälle, joka voidaan piilottaa kuorrutuksella tai cupcake -koristeilla. Vaihtoehtoisesti tällä menetelmällä voidaan lisätä täyte kakun pohjan kautta yläreunan sijaan.
Kermainen täyte, joka on tyypillisesti valmistettu voista, lyhennyksestä, konditorisokerista ja vaniljauutteesta, on yleinen valinta kuppikakkuille. Sitä voidaan käyttää minkä tahansa kakun tai kuorrutteen kanssa, mutta monet ihmiset pitävät sitä parempana suklaalla tai vaniljakuppikakulla vaniljan tai suklaakuorrutteen päällä. Tämä täyttö toimii yleensä hyvin kummankin täyttömenetelmän kanssa.
Joskus ihmiset käyttävät hedelmiä, vanukasta ja kermajuustoa kuppikakkujen täyttämiseen. Kumpikin täyttötekniikka soveltuu kermajuuston, vanukkaan ja vastaavan sakean lisäyksen lisäämiseen. Hedelmät kuitenkin asetetaan yleensä kuppikakun sisälle täyttömenetelmällä, johon kuuluu kuppikakun ontelon kaivaminen yläosan läpi.
Näiden yleisten cupcake-täytteiden lisäksi henkilö voisi kokeilla joitain epätavallisia valintoja, kuten mantelikastiketta tai maapähkinävoita täytettyjen kuppikakkujen valmistamiseksi. Mantelikastike täytetään yleensä manteliuutteesta, sokerista, maidosta ja munista, ja se sopii usein sekä vanilja- että suklaakuppien kanssa. Maapähkinävoitäyte sopii yleensä hyvin suklaakuorrutuksen ja suklaakakun kanssa.