Vähähiilihydraattisia muffinsseja voidaan valmistaa käyttämällä erilaisia ainesosia ja aromeja, myös hedelmiä. Mustikat, banaanit ja karpalot voivat lisätä makua vähähiilihydraattisiin muffineihin. Muita muffinssiainesvaihtoehtoja ovat erilaiset vihannekset, kuten kesäkurpitsa, kurpitsa ja pinaatti. Muffinit voidaan valmistaa myös lihasta ja äyriäisistä, kuten makkarasta ja tonnikalasta. Munat ovat luonnostaan vähähiilihydraattista ruokaa, ja ne ovat esillä monissa vähähiilihydraattisissa muffinssiresepteissä, mukaan lukien suklaa-soija-vähähiilihydraattiset muffinit.
Erilaisia hedelmiä käytetään makuun monissa vähähiilihydraattisissa muffinssiresepteissä. Mustikkamuffinsseista voidaan tehdä vähähiilihydraattisia käyttämällä soijajauhoja, raskasta kermaa ja sokerin korviketta. Mustikoiden lisäksi karhunvatukoita, vadelmia ja karpaloita voi olla tarjolla vähähiilihydraattisissa muffineissa. Mustikkaleseiden muffinsseja voidaan valmistaa lisäämällä seokseen vehnäleseitä. Banaanimuffineissa, jotka ovat vähähiilihydraattisia, on pellavansiemenjauho, majoneesi ja vähärasvainen banaanisiirappi.
Muita jälkiruoka-tyylisiä vähähiilihydraattisia muffinsseja ovat suklaa-soija-vähähiilihydraattiset muffinit. Niissä on soijajauhoja, munia ja raejuustoa. Ne on maustettu makeuttamattomalla kaakaolla, vaniljauutteella ja sokerin korvikkeella. Vähähiilihydraattisissa sokerittomissa kermajuustomuffineissa on tuorejuustoa, sokerin korviketta ja munia. Vähähiilihydraattiset muffinssit valmistetaan pellavansiemenistä, mantelijauhoista ja sulatetusta oluesta. Niissä on myös kirnupiimää, sokerin korviketta ja kanelia.
Vihanneksia voidaan käyttää monissa vähähiilihydraattisissa muffineissa, mukaan lukien vähähiilihydraattiset kesäkurpitsa-muffinsit. Kuori jätetään kesäkurpitsaan, joka leikataan pieniksi kuutioiksi ennen sen lisäämistä taikinaan. Vähähiilihydraattisissa kurpitsamuffineissa on kurpitsaa, maustepippuria ja jauhettuja neilikoita. Niitä ovat myös mantelimaito, sokerin korvike ja munat. Kasvis frittata -muffineissa on valikoituja vihanneksia, mukaan lukien purjo, kesäkurpitsa ja pinaatti. Ne valmistetaan myös fetajuustosta, vähärasvaisesta kermasta ja munista.
Lihaa ja kalaa voi tarjota vähähiilihydraattisissa muffineissa. Vähähiilihydraattiset tonnikalamuffinit valmistetaan tonnikalasta, selleristä ja sipulista. Niissä on myös jauhettua vihreää paprikaa, cheddarjuustoa ja mausteita. Vähähiilihydraattisissa munamuffineissa ei ole leipää. Ne valmistetaan puristamalla makkaraa muffinssivuokien pohjalle ja reunoille ja paistamalla; muna laitetaan muffinssikuppiin ja laitetaan takaisin uuniin. Kun paistaminen on valmis, muffinssit täytetään amerikkalaisella juustolla.
Monissa vähähiilihydraattisissa muffineissa on myös pähkinöitä. Vähähiilihydraattinen makadamiapähkinä ja pilkattavat banaanimuffinit on valmistettu soija neljästä, rasvasta kermasta ja banaaniuutteesta. Resepti sisältää myös vehnäleseitä, klubisoodaa ja karkeasti pilkottuja makadamiapähkinöitä. Pellavamuffineissa on jauhettuja pellavansiemeniä, heraproteiinijauhetta ja hienonnettuja pähkinöitä.