Vähäkalorisia muffinsseja voi ostaa kaupallisesti tai valmistaa kotona. Eri makutyyppejä ovat leseet, hedelmät, vihannekset ja suklaa. Suolaisia pikemminkin kuin makeita vähäkalorisia tyyppejä ovat maissijauho ja englantilaiset muffinit. Rasvan ja sokerin leikkaaminen muffinssiresepteissä voi luoda vähäkalorisia vaihtoehtoja. Rasvaton maito, öljy voin ja munanvalkuaisten sijasta kokonaiset munat ovat keinoja vähentää rasvaa, kun taas omenakastikkeen korvaaminen jollakin sokerilla voi myös alentaa kalorien määrää.
Hedelmät, kuten banaanit ja marjat, ovat suosittuja lisäyksiä vähäkalorisiin muffinssiresepteihin. Vihanneksia, kuten kesäkurpitsaa tai bataattia, voidaan käyttää myös paistettaessa vähäkalorisia. Makeammat lajikkeet, kuten suklaata sisältävät, voivat myös olla sopivia, jos kaloreita hallitaan. Suklaalastujen tai makeutetun leivosuklaan sijasta vähäkalorisia tai jopa sokerittomia lajikkeita käytetään usein vähäkalorisissa muffineissa. Myös omenakastikkeen käyttö ei voi vain korvata joitakin sokereita kalorien leikkaamiseen, mutta sen uskotaan tuovan esiin myös suklaan maun.
Muffinsseissa käytetty bataatti ja kesäkurpitsa voivat lisätä makua ja vitamiineja ilman paljon kaloreita. Näissä vähäkalorisissa kasvismuffineissa kaneli voi tehdä paljon makeutusta, mikä voi vähentää tarvittavan sokerin määrää. Jotkut leipurit haluavat lisätä muita maukkaita mausteita kesäkurpitsaan tai bataattimuffineihin, kuten inkivääriä ja muskottipähkinää. Koska ruskealla sokerilla on rikkaampi maku kuin valkoisella lajikkeella, makeutusainetta voidaan tarvita vähemmän.
Mustikan vähärasvaiset muffinit ovat yksi yleisimmistä saatavilla olevista tyypeistä. Nämä voidaan valmistaa valkoisesta jauhosta, joka voi olla vähäkalorista, mutta ei tarjoa täysjyvätuotteiden, kuten vehnän tai leseen, muffinsseja. Mansikka ja vadelma ovat muita hedelmäpohjaisia vähäkalorisia muffinivaihtoehtoja. Jotkut kokit haluavat tehdä täyte näistä hedelmistä kaatamalla maissijauho taikina osittain muffinssivuokiin, lisäämällä sitten hedelmät ja lisäämällä lisää taikinaa.
Maissijauhoiset vähäkaloriset muffinit voivat myös olla suolaisia täyttämällä ne salsalla hedelmien sijasta. Tämäntyyppisiä vähäkalorisia muffinsseja voidaan tarjoilla lautasen, kuten muhennoksen tai keiton, kanssa. Tyypillisesti suolaiset maissijauho -muffinit eivät vaadi paljon sokeria, ja voita voidaan käyttää voin sijaan. Englantilaiset muffinit eivät myöskään ole tyypillisesti liian makeita, mutta ne eroavat muista vähäkalorisista muffineista siinä mielessä, että niitä ei paisteta uunissa, vaan ne valmistetaan ritilällä. Metallirenkaat asetetaan lämmitetylle ritilälle ennen englantilaisen muffinitaikinan lisäämistä.