Sähköisen kaupankäynnin ohjelmistoja on pohjimmiltaan kolmea tyyppiä: valmis ohjelma, mukautettu ohjelma ja verkkokaupan hosting-yrityksen tarjoama ohjelma. Nämä vaihtoehdot voidaan jakaa tarkempiin sähköisen kaupankäynnin ohjelmistotyyppeihin. Relaatiotietokannan käyttö, pääsy kirjanpitosovelluksiin ohjelmiston sisältä ja ostoskorin olemassaolo tai puuttuminen ovat ominaisuuksia, jotka määrittävät erilaiset verkkokaupan ohjelmistot.
Termi “sähköinen kaupankäynti” viittaa sähköiseen kaupankäyntiin tai kykyyn myydä ja ostaa tavaroita ja palveluja Internetin teknologioiden avulla. Yrityksen tyyppi ja koko auttavat määrittämään, minkä tyyppistä verkkokaupan ohjelmistoa se tarvitsee. Esimerkiksi kaupallinen verkkosivusto, jossa myydään vain muutamia tuotteita, ei ehkä tarvitse ostoskoria sisältävää ohjelmistoa, jos asiakkaat ostavat harvoin useamman kuin yhden tuotteen tai palvelun kerrallaan. Toisaalta suuret yritykset, jotka tarjoavat monia erilaisia tuotteita, saattavat pitää ehdottoman välttämättömänä ohjelmistoa, jossa on ostoskori. Asiakkaat haluavat usein ostaa useita tuotteita tai palveluita yhdellä tapahtumalla.
Relaatiotietokannan läsnäolo on myös erittäin tärkeää, kun myydään monia tuotteita ja palveluita. Tämä pätee erityisesti silloin, kun tuotteita on saatavana eri kokoja, värejä ja määriä. Sähköisen kaupankäynnin ohjelmistojen suhteellisia tietokantoja voidaan ajatella inventaariojärjestelmäksi, jota voidaan päivittää lennossa, mikä estää asiakkaita tilaamasta tuotteita, jotka ovat loppuneet tai eivät ole enää saatavilla. Pienyritykset saattavat olla kiinnostuneita verkkokaupan ohjelmistoista, joihin on integroitu kirjanpito-ohjelma.
Kaikki tämäntyyppiset sähköisen kaupankäynnin ohjelmistot on tutkittava huolellisesti, jotta voidaan harkita etuja ja haittoja. Yksittäiset tai hyvin pienet yritykset, joilla ei ole tietoa verkkokehityksestä, suosivat yleensä valmiita ohjelmistoja. Edut sisältävät ohjelmiston koodaamisen vapauden vastaamaan yrityksen erityistarpeita ja -vaatimuksia. Ohjelmointitaitoa ja vahvaa ymmärrystä hypertekstimerkinnän kielestä (HTML) tarvitaan kuitenkin, ellei web-kehittäjän palveluita voi ostaa. Tämän tyyppisiä ohjelmistoja voi hankkia ilmaiseksi tai maksua vastaan.
Ohjelmiston, jota ei ole koodattu tyhjästä, on määritettävä tai “muokattava” jokaisen sellaisen henkilön tai yrityksen, joka aikoo käyttää sitä. Ohjelmiston koosta ja ominaisuuksista riippuen se saattaa riittää, mutta se voi olla “tilaa vievää” pienyritykselle. Isännöidyt verkkokaupan ohjelmat saattavat vaatia säännöllisen maksun maksamista, ja sovelluksen käyttöä saatetaan rajoittaa.