Yksi pienyritysten omistajan parhaista investoinneista on sopivan liiketoimintaohjelmiston ostaminen. Yrityksen omistajan tarvitsema yritysohjelmistopaketti riippuu usein yrityksen koosta ja automatisoitavista tehtävistä. Yritysohjelmistojen yleisiä valintoja ovat yrityslaskutus-, laskutus-, palkka-, tietokanta- ja omaisuudenhallintaohjelmistot.
Yrityslaskutus- ja laskutusohjelmistot poistavat tarpeen luoda jokainen lasku alusta alkaen. Tämäntyyppiset ohjelmistot sisältävät usein käyttövalmiita malleja, jotka voidaan räätälöidä liiketoiminnan mukaan. Käyttäjä syöttää vain asiakkaan tai asiakkaan tiedot tietokantaan ja valitsee kenelle lasku lähetetään. Usein on mahdollisuus valita myös lähetettävän laskun tyyppi. Ohjelmisto kehottaa yrityksen omistajaa syöttämään tiedot soveltuviin kenttiin ja luo laskun, joka lähetetään, kun kaikki tarvittavat kentät on syötetty.
Palkanlaskentaohjelmisto voi helpottaa ja nopeuttaa palkanlaskennan verojen ja työntekijöille ja riippumattomille urakoitsijoille suoritettavien maksujen hallintaa. Monien ohjelmien avulla käyttäjät voivat tulostaa palkkalaskelmia ja muita verotukseen tarvittavia lomakkeita, kuten W-2 ja W-3. Olipa yrityksellä yksi työntekijä tai useita tuhansia, on todennäköisesti palkkaohjelmistoratkaisu, joka vastaa yrityksen tarpeisiin.
Tietokantaohjelmisto auttaa pienyrityksiä tallentamaan ja jakamaan liiketoiminnan kannalta tärkeitä tietoja, kuten yhteystietojen nimet ja osoitteet, tehtävälistat ja asiakirjat. Yritykset käyttävät usein yhtä kolmesta tavasta asentaa ja käyttää tietokantaa: verkkopohjainen, työpöytä- tai palvelintietokanta. Suurempi yritys tarvitsee yleensä palvelintietokannan tallennettavien tiedostojen koon vuoksi. Pienet ja keskisuuret yritykset valitsevat usein verkkopohjaisia tai pöytätietokantoja.
Omaisuudenhallintaohjelmistoa käyttävät usein kaikenlaiset yritykset, jotka osallistuvat fyysiseen myyntiin, jakeluun tai valmistukseen. Jokainen yrityksen omistaja, joka haluaa automatisoida fyysisen ja aineettoman omaisuuden hallinnan, voi yleensä hyötyä sen käytöstä. Esimerkiksi yrityksen omistaja voi syöttää tietoja palvelun ylläpidon tuloksista ja omaisuudenhallintaohjelmisto puolestaan voi tuottaa tietoja, kuten poistojen arvon ja korvaamisen päivämäärät. Aineettomia hyödykkeitä, kuten ohjelmistoja ja patentteja, voidaan myös hallita.
Päätös ostaa liiketoimintaohjelmisto riippuu usein muista käynnistyskustannuksista tai yrityksen tuottamasta voitosta. Rutiinisten liiketoimintatehtävien automatisoinnin edut tekevät yrityksestä yleensä tehokkaamman. Usein liiketoimintaohjelmistojen ostamisen hinta kompensoidaan sen tuottamilla säästöillä.