Amfetamiini ja metamfetamiinilääkkeet toimivat samalla tavalla ja tuottavat samanlaisia ekstaasin ja valppauden tunteita niitä käyttäville. Molemmilla on laillisia määrättyjä käyttötarkoituksia, ja molemmat käyttävät rutiininomaisesti hyväksikäyttöä. Yksi tärkein ero näiden kahden välillä on se, että metamfetamiinilla on suurempi teho kuin amfetamiinilla. Sen jakelutapa voi myös vaihdella, koska se voidaan polttaa tai pistää, kun amfetamiinia nautitaan pääasiassa suun kautta. Tämä voi lisätä sen riippuvuutta, koska lääkkeet, jotka voidaan ampua suoraan verenkiertoon tai hengittää, ovat usein riippuvuutta aiheuttavampia kuin pillerit. Metamfetamiinia on yleensä myös helpompi valmistaa ja syntetisoida. Sekä amfetamiinia että metamfetamiinia voidaan luoda laboratoriossa, mutta vain metamfetamiinia voidaan syntetisoida käyttämällä käsikauppalääkkeitä ja tavallisia kotikemikaaleja.
Vaikka toinen saattaa aiheuttaa enemmän riippuvuutta kuin toinen, sekä amfetamiini että metamfetamiini voivat johtaa vakaviin henkisiin ja fyysisiin vaurioihin. Molemmat lääkkeet ovat piristeitä, ja molempien jatkuva käyttö voi vahingoittaa sydäntä ja hermostoa, vaikka niitä käytettäisiin reseptillä. Heidän mielensä muuttavat vaikutukset voivat myös johtaa peruuttamattomiin aivovaurioihin ja mielenterveysongelmiin, kuten dementiaan ja vainoharhaisuuteen.
Metamfetamiinia voi kuorsata, polttaa tai pistää, joten sen väärinkäytöllä voi olla muita sivuvaikutuksia. Metamfetamiinin polttaminen voi vahingoittaa pysyvästi käyttäjän ikeniä ja hampaita; tila, jota usein kutsutaan metan suuksi. Kuten kaikki laskimonsisäiset lääkkeet, metamfetamiinin injektio voi johtaa vakaviin infektioihin ja tautien, kuten aidsin ja hepatiitin, leviämiseen.
Näiden erojen lisäksi amfetamiini ja metamfetamiini ovat lähes identtisiä ja niillä on jopa sama kemiallinen yhdiste. Amfetamiinia määrätään usein mielenterveyshäiriöiden, kuten ADHD: n, hoitoon, koska ne voivat lisätä valppautta ja parantaa keskittymistä. Näitä lääkkeitä voidaan myös määrätä narkolepsian ja tietyntyyppisten lääkeresistentin masennuksen hoitoon.
Monet erilaiset ruokavalion pillerit sisältävät myös jonkinlaisen amfetamiinin, koska lääke on myös ruokahalua hillitsevä. Metamfetamiinia voidaan määrätä vastaaviin käyttötarkoituksiin, mutta sen negatiivinen maine ja riippuvuutta aiheuttava luonne rajoittavat lääkäreiden käyttöä. Vaikka metamfetamiini voi aiheuttaa enemmän riippuvuutta, amfetamiinin väärinkäyttö ei ole harvinaista, vaikka lääkettä käytetään reseptillä. Sekä amfetamiini että metamfetamiini luokitellaan usein huumausaineiksi, ja ei-lääketieteellinen käyttö on laitonta monissa maissa.