Antiseptisten ja antibioottien uskotaan usein olevan samoja niiden yhteisten ominaisuuksien vuoksi, mutta on olemassa muutamia keskeisiä eroja näiden kahden välillä. Yleensä antiseptiset aineet heikentävät ja hidastavat bakteerien ja muiden mikro -organismien kasvua, mikä puolestaan auttaa estämään bakteereja aiheuttamasta lisäinfektiota. Antibiootit tosiasiassa kuitenkin tappavat bakteereja sekä eräitä sieniä ja loisia. Toisin kuin useimmat antiseptiset aineet, bakteerit voivat tulla resistenttejä antibiooteille pitkäaikaisen käytön jälkeen. Jotkut antiseptiset aineet voivat estää paranemista ja pahentaa haavan tilaa.
Yksi tärkeimmistä eroista antiseptisten aineiden ja antibioottien välillä on niiden vaikutus bakteereja ja muita mikro -organismeja vastaan. Antiseptit vain hidastavat bakteerien kasvua sen sijaan, että ne todella tappaisivat sen. Toisin kuin antibiootit, antiseptiset aineet ovat kuitenkin tehokkaita myös muille mikro -organismeille, mikä tekee niistä mahdollisesti hyödyllisiä muiden infektioiden torjunnassa. Antibiootit tappavat bakteerit, mutta niiden uskotaan olevan tehottomia moniin muihin infektioihin. Uskotaan, että antibiootit voivat torjua tiettyjä loisia ja sieniä kehossa, mutta ne vaativat yleensä reseptin, koska niitä pidetään vahvempina.
Tärkeä ero antiseptisten aineiden ja antibioottien välillä on se, että bakteerit kehittyvät todennäköisesti immuniteetiksi tietyille antibiooteille pitkäaikaisen käytön jälkeen tai jos antibioottihoitoa ei ole saatu päätökseen. Ei ole vahvistettu, että bakteereilla olisi sama reaktio pitkäaikaisen antiseptisen käytön kanssa. Immuniteetin ehkäisemiseksi antibiootteja vastaan terveydenhuollon ammattilainen voi suositella antibioottihoidon täydellistä suorittamista varmistaakseen, että kaikki bakteerit on kuollut tai että käytetään eri antibiootteja tiettyihin sairauksiin.
Tietyt antiseptiset aineet voivat myös estää paranemista ja ärsyttää ihoa ja vaativat usein erityisiä käyttötapoja. Esimerkiksi vetyperoksidi voi vaatia, että alue kuivuu kokonaan ennen sidoksen käyttöä, kun taas fenoli voi vahingoittaa ihoa edelleen, jos sidosta käytetään. Antibioottien vastaavia sivuvaikutuksia ei tunneta. Jos siis on mahdollisuus valita antiseptisten aineiden ja antibioottien välillä ihon haavojen hoitoon, suositellaan yleensä antibioottivoiteen käyttöä.
Antiseptisten aineiden rajoitetun toiminnan vuoksi niitä käytetään yleensä paikallisesti estämään enemmän bakteereja ja muita mikro -organismeja pääsemästä avoimiin haavoihin, mutta joitain suun antiseptisiä aineita on olemassa. On harvoja tapauksia, joissa antiseptiset aineet ja antibiootit voivat olla vaihtoehtoja saman infektion, kuten tiettyjen virtsatieinfektioiden, hoitoon. Tässä tapauksessa virtsatieinfektion vakavuus ja tyyppi voivat määrittää tarkan hoidon. Antibiootit otetaan pääasiassa suun kautta, yleensä penisilliinin muodossa, tappamaan infektio kehossa. Paikallisesti otettavia antibiootteja on vähän, ja kuten suun kautta otettavat antibiootit, ne edellyttävät yleensä reseptiä.