Antiseptisiä ja desinfiointiaineita käytetään sekä bakteerien että muiden mikro -organismien tappamiseen tai kasvun rajoittamiseen. Tärkein ero niiden välillä on paikka, jossa niitä käytetään. Antiseptisiä aineita käytetään kehon paljaisiin osiin, usein, mutta ei aina, haavan tai leikkauskohdan kohdalle infektion estämiseksi. Desinfiointiaineita käytetään muilla pinnoilla leikkaussalin pinnasta keittiöpöytään mahdollisesti vaarallisten mikrobien tuhoamiseksi.
Sekä desinfiointiaineiden että antiseptisten aineiden käyttö on melko uusi lisäys lääketieteelliseen käytäntöön. Taudin miasmaattinen teoria, jonka mukaan sairaudet johtuvat huonosta ympäristövaikutuksesta eikä mikro -organismeista, pysyi laajalti hyväksyttynä 19 -luvun puolivälissä. Lääketieteellinen laitos osoittautui haluttomaksi muuttamaan vakiomenettelyjä, vaikkakin ylivoimainen kokeellinen näyttö.
Varhaiset edelläkävijät antiseptisiä ja desinfiointiaineita koskevassa tutkimuksessa, kuten Ignaz Semmelweis, joka tutki ilman asianmukaisia antiseptisiä toimenpiteitä hoidettujen äitien kuolleisuutta, totesi nopeasti, että perusterveystoimenpiteet vähentävät suuresti monia lääketieteelliseen hoitoon liittyviä riskejä. Vaikka lääkärit ottivat hitaasti vastaan hänen neuvonsa, lopulta hänen näkemyksensä voitti. Joseph Listeristä tuli menestynein antiseptisten ja desinfiointiaineiden käytön kannattaja, ja hänen työnsä riitti muuttamaan tavanomaista lääketieteellistä käytäntöä vähitellen.
Antiseptiset ja desinfiointiaineet toimivat sekä tappamalla mikrobeja, mutta myös antiseptisten aineiden on vahingoitettava vain vähän tai ei lainkaan kehon kudoksia. Vetyperoksidi ja alkoholi ovat yleisimpiä antiseptisiä aineita, joita käytetään sekä lääketieteellisissä että kotitalouksissa. Niitä käytetään tyypillisesti ihon puhdistamiseen ennen viillon tekemistä mahdollisten vaarallisten mikrobien poistamiseksi ihon pinnalta. Antiseptisiä aineita voidaan käyttää myös pintojen leikkausten tai hankausten hoitoon tappamaan kaikki haavaan mahdollisesti joutuneet mikrobit, vaikka tämä prosessi voi hieman vahingoittaa kudosta ja aiheuttaa epämukavuutta.
Desinfiointiaineiden, toisin kuin antiseptiset aineet, ei tarvitse olla turvallisia käytettäväksi elävissä kudoksissa. Monilla tavallisilla kotitalousaineilla on erinomaiset desinfiointiaineet. Yksinkertainen valkaisuaine on erittäin tehokas useimpien mikrobien tappamisessa, ja valkaisuainetta käytetään laajalti tähän tarkoitukseen sekä lääketieteellisissä laitoksissa että tavallisissa kotitaloussovelluksissa. Kun kemiallisen aineen käyttäminen desinfiointiaineena ei ole toivottavaa, on olemassa muita vaihtoehtoja, mukaan lukien ultraviolettivalon tai säteilyn käyttö, jotka molemmat eivät yleensä sovellu käytettäväksi elävässä kudoksessa, mutta voivat olla erittäin tehokkaita mikrobien poistamisessa.