Ero biodieselin ja biopolttoaineen välillä on se, että toinen on polttoaine ja toinen luokka: biodiesel on yksi biopolttoaineen muoto. Biopolttoaineet ovat polttoaineita, jotka on valmistettu muista osista kuin öljytuotteista, kuten alkoholista, metanolista, soijasta ja lukemattomista muista aineista; biodieseli on valmistettu kasviöljyistä. Tämä luokka sisältää monia erilaisia polttoaineita polttopuista ihmisten ja eläinten jätteisiin ja kaatopaikkakaasuihin.
Öljypohjaisten polttoaineiden kustannusten noustessa yhä korkeammalle ja kollektiivisen maailman tietoisesti nojautuessa vihreämpään elämäntapaan yhä useammat ihmiset puhuvat biodieselistä ja muista biopolttoaineista. Näiden termien ympärillä on kuitenkin edelleen paljon sekaannusta. Vaikka biodiesel on suhteellisen uusi käsite, ihmiset ovat käyttäneet biopolttoaineita siitä lähtien, kun varhaiset luola-asukkaat ovat oppineet kokkaamaan ruokaa ja lämmittämään luolia avotulella. Biopolttoaine voidaan parhaiten tunnistaa polttoainetyypiksi, joka on valmistettu hajoavasta biologisesta materiaalista, kuten puusta tai roskista tai eläin- ja kasvirasvasta.
Vaikka biodieseli ja biopolttoaine voivat auttaa joissakin maissa vähentämään riippuvuuttaan öljystä, E-85-bensiinin kaltaiset tuotteet eivät ole biopolttoaineita. Tämä tuote sisältää etanolipohjaisen polttoaineen lisäksi 15% maaöljybensiiniä, joten se ei kuulu tähän luokkaan. Fossiiliset polttoaineet ovat teknisesti biopolttoaineita, koska ne on valmistettu kasveista ja eläimistä, jotka ovat kuolleet ja hajonneet miljoonien vuosien aikana. Keskeinen ero on, että biopolttoaineet ovat uusiutuvia, kun taas fossiiliset polttoaineet eivät.
Useimmissa tapauksissa biopolttoaineet tuottavat enemmän energiaa kuin niiden valmistaminen vaatii. Tämä tekee niistä erinomaisen uusiutuvan energian lähteen, joka voidaan tuottaa kokonaan yhdessä maassa paikallisten viljelijöiden kasvattamista kasveista ja eläimistä. Ekologisesta näkökulmasta biodieseli ja muut biopolttoaineet vapauttavat ilmakehään keskimäärin 70% vähemmän hiilidioksidipäästöjä polttoaineeseen verrattuna.