Fagotti ja oboo ovat molemmat kaksoisruokoisia puupuhallinsoittimia, mutta niillä on useita merkittäviä eroja, jotka erottavat ne toisistaan. Muutamia eroja, jotka näkyvät heti, kun tarkastellaan kahta instrumenttia, ovat niiden koko, muoto ja suukappaleen sijoitus. Fagotilla ja oboolla on myös erilaisia ääniä, fagotti soi paljon alemmassa rekisterissä kuin oboe. Vaikka opiskelijaversiot molemmista instrumenteista on usein rakennettu kestävästä hartsimuovista, kokeneille muusikoille laadukkaammat mallit on valmistettu erilaisista puulajeista. Näppäinjärjestelmät ovat myös hyvin erilaisia näiden kahden instrumentin välillä sekä tapa, jolla niitä pidetään.
Rinnakkain tarkasteltaessa on heti havaittavissa useita eroja fagotin ja oboen välillä. Jokaisen soittimen yleisilme on erottuva. Fagotti on paljon suurempi kuin oboe, ja se on valmistettu noin 7–8 jalkaa (n. 2.13–2.44 metriä) putkesta, joka on taivutettu epätasaiseen U-muotoon. Lyhyempi, kapeampi puoli on se, jossa koukussa oleva suukappale on kiinnitetty noin puoliväliin instrumentin pituudesta; toinen pää on paljon leveämpi ja ulottuu suukappaleen ulkopuolelle. Oboe on valmistettu yhdestä, suorasta putkesta, joka levenee alhaalta kellon muotoon, ja sen yläosassa on suukappale ja ruoko.
Sekä fagotti että oboe tuottavat ääntä, kun muusikko puhaltaa ilmaa kaksoisruokoon aiheuttaen tärinää, joka resonoi letkun sisällä. Jokaisella instrumentilla on tietty ääni ja alue. Fagotti pystyy soittamaan hyvin alhaisessa rekisterissä, ja puupuhallinsoitinten perheen ääni on pienin lukuun ottamatta suurempaa kontrabassoa. Oboo pystyy soittamaan korkeampia nuotteja ja sen ääntä on verrattu ankan ääniin, erittäin selkeällä äänellä, joka on helppo erottaa muiden orkesterin instrumenttien välillä. Molemmat soittimet ovat tunnettuja ilmeikkyydestään.
Molempien välineiden opiskelijaversiot on yleensä valmistettu hartsimuovista, koska ne ovat kestäviä. Laadukkaamman soittimen valitsevat yleensä kokeneemmat muusikot. Fagotti ja oboot valmistetaan yleensä erilaisista puulajeista. Fagotti on usein tehty vaahterasta, vaikka se voidaan rakentaa muista puulajeista, joiden kovuus on keskitasoa. Obo on useimmiten valmistettu puusta, joka tunnetaan nimellä Afrikkalainen Blackwood tai grenadilla.
Jokaisella instrumentilla on erilainen näppäinjärjestelmä. Näppäimiä käytetään yhdessä sormien kanssa instrumentin letkujen reikien peittämiseksi erityisten muistiinpanojen tuottamiseksi. Fagotissa on vähemmän avaimia, kun taas oboolla on suhteellisen suuri määrä noin 45 monimutkaista avaintyötä.
Fagotti ja oboo pidetään myös eri tavalla. Kokonsa vuoksi fagotti pidetään muusikon vieressä, usein lisätuella, kuten tuolilla tai niskahihnalla. Muusikko pystyy yleensä pitämään oboa kehonsa edessä, koska se on paljon pienempi.