Vaikka homeopatia ja naturopatia uskotaan usein samaksi asiaksi, ne eroavat käytännössä ja nykyaikaisen lääketieteen hyväksynnästä. Homeopatia käyttää erittäin laimennettuja aineita sairauksien hoitoon, kun taas naturopatia käyttää elämäntapamuutoksia ja yrttilääkkeitä hoitoon. Homeopatia ja naturopatia keskittyvät molemmat potilaan fyysiseen ja emotionaaliseen hyvinvointiin, mutta homeopatiaa ei hyväksytä lainkaan tai ei lainkaan. Sitä vastoin jotkut nykyaikaiset lääkärit käyttävät yhdistelmää naturopatiasta ja nykyaikaisista lääketieteellisistä hoidoista parantaakseen potilaitaan.
Homeopatia, joka kreikan kielellä tarkoittaa “kärsimystä”, perusti Samuel Hahnemann 1700 -luvun lopulla, kun hän kehitti samankaltaisuuden lain teorian. Hän uskoi, että sellaisen aineen ottaminen, joka aiheuttaa sairauden oireita terveelle henkilölle ja sen laimentaminen, auttaisi kyseisestä sairaudesta kärsiviä parantumaan. Toisaalta Benedict Lust teki luonnontieteestä, joka on suunnilleen käännetty kreikan kielellä “luonnon taudiksi”, suosittuksi 19 -luvulla. Tämä käytäntö perustuu luonnon aineiden käyttöön ja elämäntapamuutoksiin, joilla tuetaan kehoa parantumassa ja keskitytään siten enemmän yleiseen terveyteen kuin yhteen yksittäiseen sairauteen tai vaivaan.
Suurin osa lääketieteellisestä yhteisöstä pitää perusteettomana, että homeopatia ottaa tyypillisesti ainetta ja laimentaa sitä, kunnes alkuperäisestä aineesta on jäljellä vain vähän tai ei lainkaan. Tämä tehdään asettamalla ainesosa perusnesteeseen, ravistamalla sitä, rasittamalla sitä, ravistamalla sitä uudelleen ja niin edelleen, kunnes haluttu materiaalitaso on jäljellä. Tämä perustuu Hahnemannin teoriaan veden muistista, jonka mukaan pohja säilyttää haitallisen aineen olemuksen ilman, että ainetta jää jäljelle, mikä tekee lääkkeestä vaarattoman. Tällä teorialla ei ole todellista tieteellistä perustaa; laimennuksen määrän vuoksi tutkijoiden on vaikea luoda tai tutkia homeopaattisia lääkkeitä. Laimennusprosessi vaikeuttaa myös homeopaattisten lääkkeiden yhdenmukaisuutta.
Naturopatia puolestaan keskittyy ensisijaisesti elämäntapamuutoksiin, kuten terveelliseen luonnolliseen syömiseen, harjoituksiin, kuten joogaan, ja luonnollisiin korjaustoimenpiteisiin terveysongelmiin, kuten yrtteihin, akupunktioon tai meditaatioon. Hyvä esimerkki tästä olisi hunaja-sitruunateen juominen ja suolaliuoksen käyttäminen tavalliseen vilustumiseen sen sijaan, että ottaisit käsikauppalääkkeitä. Tämä keskittyminen yleiseen terveyteen eikä perusteettomiin homeopatian teorioihin on saanut monet nykyaikaiset lääkärit käyttämään joitain luonnollisia lääkkeitä käytännössä. Homeopatian ja naturopatian välillä jälkimmäinen on yleensä ainoa, jonka tavoitteena on työskennellä modernin lääketieteen kanssa sen sijaan.
Vaikka homeopatia ja naturopatia ovat samankaltaisia, koska ne kohtelevat ihmistä emotionaalisella ja fyysisellä tasolla, yhtäläisyydet yleensä päättyvät siihen. Homeopatian tavoitteena on lähinnä pakottaa keho parantamaan itseään, kun taas naturopatian tarkoituksena on antaa keholle voimaa parantaa itseään. Toisin kuin homeopatia, naturopaattinen lääketiede on virallisesti tunnustettu täydentäväksi ja vaihtoehtoiseksi lääketieteeksi (CAM) Yhdysvalloissa.