Kannettava tietokone ja pöytätietokone eroavat toisistaan sekä koon että toimivuuden suhteen. Kannettava tietokone on paljon pienempi ja siksi usein kätevämpi käyttää. Pöytätietokone on paljon suurempi ja kestää yleensä paljon pidempään kuin kannettava tietokone, ennen kuin se on korjattava tai vaihdettava. Kannettava tietokone on usein itsenäinen yksikkö, eikä sen käyttämiseen tarvita lisäosia. Käyttäjien on usein ostettava näyttöjä ja muita lisävarusteita käyttääkseen pöytätietokonetta. Ohjelmistotyypeissä, joita voidaan käyttää kullakin tietokoneella, ei ole juurikaan eroa.
Koko on havaittavin ero kannettavan tietokoneen ja pöytätietokoneen välillä. Kannettava tietokone on yksi kone, jossa on kiintolevy, levyasema, näyttö, langaton modeemi, näppäimistö ja hiiri, ja se taittuu helposti säilytettäväksi kantolaukussa. Ainoa lisävaruste, jota usein tarvitaan, on virtajohto, jossa on sovitin. Pöytätietokone koostuu tornista, joka on suuri suorakulmainen laatikko. Tietokonejärjestelmän laitteisto on laatikossa. Ulkoinen näyttö, näppäimistö, hiiri ja langaton reititin on usein liitettävä tietokoneeseen, jotta niitä voidaan käyttää täysin.
Tapa, jolla kannettava tietokone ja pöytätietokonejärjestelmä saavat virtaa, on toinen ero. Kannettava tietokone toimii ladattavalla akulla. Käyttäjän on usein kytkettävä kannettava tietokone virtalähteeseen ladatakseen akun. Kannettavaa tietokonetta voidaan käyttää vain, kunnes akun varaus loppuu, jolloin omistajan on löydettävä virtalähde sen kytkemiseksi. Pöytätietokonetta käytetään suoralla virtalähteellä. Kun omistaja on löytänyt sopivan paikan tietokoneen sijoittamiseen, se kytketään pistorasiaan ja pysyy usein samassa paikassa koko sen käytön ajan.
Kannettavan ja pöytätietokoneen ylläpito- ja päivitystapa on erilainen. Jos omistaja haluaa päivittää pöytätietokoneensa, hän voi asentaa uuden virtalähteen, näytönohjaimen, äänikortin, kiintolevyn, lisämuistia tai muuta laitteistoa hyvin vähän teknistä tietämystä. Tämä voidaan usein tehdä paljon halvemmaksi kuin tietokoneen korjaamoon vieminen. Toisaalta kannettavan tietokoneen päivittäminen on paljon vaikeampaa. Suuri osa kannettavan tietokoneen sisäisistä laitteista on usein vaikea käyttää, poistaa ja vaihtaa. Tämän vuoksi kannettavan tietokoneen korjaus- tai päivityskustannukset ovat usein paljon kalliimpia kuin saman tehtävän suorittaminen työpöydällä.