Klarinetti ja fagotti ovat puupuhallinperheeseen kuuluvia soittimia. Molemmat instrumentit tuottavat ääntä, kun henkilö puhaltaa ilmaa onttoon putkeen. Muusikko voi muokata ilman nuotteiksi manipuloimalla instrumenttien ulkopuolelle sijoitettuja näppäinsarjoja. Vaikka näiden kahden välillä on joitakin fyysisiä yhtäläisyyksiä, instrumentit eroavat merkittävästi tuotetun äänen laadusta ja tavasta, jolla niitä käytetään musiikin sävellyksessä.
Molemmat puupuhallinsoittimet käyttävät ruusuna tunnettua laitetta suukappaleidensa suunnittelussa. Klarinetissa on yksi ruoko, jota lukko pitää paikallaan. Fagotti käyttää kaksoisruokoa, joka on asetettu kapeaseen putkeen, joka kulkee instrumentin pääosaan. Musiikin muistiinpanojen tuottamiseen tarvittava suu tai embouchure eroaa merkittävästi klarinetin ja fagotin ruokoista. Klarinetin suukappale on lähempänä saksofonin käyttämää, kun taas fagotti käyttää samaa ruokoa kuin oboe.
Suukappaleiden erojen lisäksi klarinetti ja fagotti vaihtelevat koon ja painon mukaan. Klarinetti on tarpeeksi kevyt, jotta muusikko voi pitää sitä koko konsertin tai tallennusistunnon ajan, kun taas fagotisti käyttää yleensä niskahihnaa painavamman painon tukemiseen. Vaikka molemmilla soittimilla voi olla samanlainen musta väri, ne on perinteisesti valmistettu erilaisista lehtipuista. Useimmat ammattimuusikkojen klarinetit on valmistettu afrikkalaisesta kovapuusta. Fagotit on tyypillisesti rakennettu vaahterasta.
Klarinetin ja fagotin tuottamat äänet ovat hyvin erilaisia, vaikka molemmat instrumentit on luokiteltu puupuhallinperheeseen. Klarinetti, muutamaa harvinaista poikkeusta lukuun ottamatta, on transponoiva instrumentti, mikä tarkoittaa, että useimmat klarinettimallit käyttävät muuta sävelkorkeutta kuin C ja niiden on käytettävä transponoitua musiikkia partituuria konserttia soitettaessa. Useimmat ammattimuusikot tuovat konserttiin kaksi klarinettia, koska heidän tarvitsemansa soittoääni voi vaihdella valikoimasta toiseen. Fagotti käyttää aina samaa sävelkorkeutta kuin konserttipiano ja sitä kutsutaan siis ei-siirtäväksi instrumentiksi.
Vaikka klarinetti ja fagotti voivat jakaa saman istuinrivin orkesterissa, ne eroavat toisistaan musiikkisäveltäjien käytössä. Klarinetti on yleensä paljon suosittu instrumentti opiskelijoiden keskuudessa, ja se on löytänyt tiensä valtavirran genreihin, kuten jazziin. Fagotti on vähemmän suosittu, ja pyrkiville opiskelijoille voi olla vaikeaa saada opetusta tietyistä tekniikoista. Fagotti on suurelta osin siirretty klassisiin sävellyksiin, ja sitä kuullaan harvoin orkesterin ulkopuolella.